次日，朱慈烺便在皇极大殿内举行了军政联席会议，对大明的军制进行了一次彻底的改革。
首先就是彻底裁撤五军都督府，重新成立一个大都督府，下设五监，分别是军政监，御马监，
军械监，军法监，都司监。
今后大都督府统管天下各军的调动，人事，军法，后勤，装备，训练等相关事宜，和管理各个卫所都司。
大都督府设大都督一名，左右督都各一人，五监设左右都监各一人。
大都督一职由朱慈烺亲自担任，红娘子担任左都督，兼任中军军团长，大都督府右都督则暂缺。
而五军主官的职称，也由原先的都督改为军团长。
红娘子的中军大都督也彻底废除，就是左都督兼任中军军团长也是特例，今后不会再出现这种情况。
然后便是军队的编制改革，今后大明的军队将分为，御林军，野战军，常备军和预备军四种。
御林军自不必说，为天子亲军，负责守卫宫城皇城，下设十个营五万人左右，其中一个为女兵营。
野战军暂时编为五个军团和若干个镇。
五个军团，就是原前后左右中五军，每军下辖十个营，每营六千余人，设营统领一人，其中两个刀盾营，两个短枪营，一个长枪营，一个弓弩营，骑兵营，火器营，工匠营，辎重营。
每个营下辖五个标，每个标1200余人，设标总一名。
每个标下辖五个队，每队240余人，设队总一名。
每个队下辖五个旗，每旗48人，设旗总一名。
每个旗下辖四个什，每什12人，设什长一名，伍长两名。
新的军制由上到下分别为，军，镇，营，标，队，旗，什，共七级。
每个军团约6万余人，共计有刀盾兵12000人，短枪兵12000人，持一丈长枪，长枪兵6000人，持两丈长矛，弓弩兵6000人，装备两千副劲弩和三千张牛角弓，骑兵6000人，火器兵6000人，工匠辅兵12000人，装备大车两千辆，骡马六千匹。
这样的编制，各军团完全可以携带三月之粮，独立作战。
军和镇都直属大都督府，区别就在于镇的编制要小一些，人数少一些，但同样可以独立作战。
每个镇设总兵官一名，视情况约两到三万人左右，下辖四到六个营，其他编制则一样，主要用于镇守各地区。
山东的刘泽清部编为第一镇，河南高杰部为第二镇，山西刘良左部为第三镇，宣府刘芳亮部为第四镇，大同吴三辅部为第五镇，唐通部为第六镇，南阳左梦庚部为第七镇，石柱秦良玉的白杆兵为第八镇，南京的八万多大军，暂定为第九，十镇。
共五军十镇，约50余万野战军。
至于常备军和预备军，未被编入五军十镇中的大明其余再册官兵，全部为常备军编制职位品级不变。
包括改革和各地未被废除的卫所，则全部暂时为预备军，同样不变。
以后两军肯定也会重新整编改革，但暂时朱慈烺也没精力管他们。