不知过了多久，只听他仰天长叹一声，“父亲，恕儿子不孝！”生死决战当头，他根本无法脱身离去。
但尽管如此，他还是起草了檄文，督促各路大军奋力进攻，又想了想，终究是心头难舍亲情，遂上疏乞丁忧。
吏部很快就收到了李化龙的奏疏，只是考虑目前适逢战时，亦奏请朱翊钧，乞从权管事。
朱翊钧也是同样考虑，他采纳了吏部覆议，谕旨道：“军旅大事，正值督兵决胜，当从权移孝，力图报国。待荡平贼巢，处置悉备，方听回籍守制，切勿顷刻杜门，致防机务。”
沈一贯此时正因科臣报黔帅泷澄大捷，而为乞优赏之事上疏万历。贵州巡抚郭子章上疏言镇雄土知府泷澄，斩杨应龙之子杨惟栋，及播州伪官五十余人，贼兵数万。兵科给事中侯先春随后也进言，说应赏赐泷澄，以激励诸路军队。
朱翊钧命下发兵部，覆兵科奏议。沈一贯深思熟虑之后，也跟着上了一疏，疏中言：科臣为黔帅报捷，乞优赏泷澄，系镇雄府土知府，即安尧臣子兄宣慰使安疆臣同母所出安名奉，皇上抚谕泷澄持枪督阵斩获播酋万余，戮其爱子，复诱之，议抚擒送其腹心，尚义等二十四人具见忠义之心，今议赏泷澄金币，臣谨票拟并详始末以闻。
朱翊钧也很快下了旨：泷澄先登敢战，以报朝廷，深可嘉赏。先赏银三十两，大红纻丝二表里，成而之日，还与优叙。仍宣示各汉土官兵，俾其激励，奋威歼贼。
六月初四，天空突然放晴，尽一个月的阴雨绵绵之后，终于重见阳光。
正是难得的好机会，这日，刘綎身着短衣，率领亲兵、降倭数人，各挟鸟铳、杂戎行立城下。城中贼人先还不知，直到箭矢射入城中，才发现原来刘綎率部已至。
“刘总爷来啦！”一声惊慌失措的叫喊，就像滚油中滴入凉水，顿时就炸了锅。
“哗……”众贼轰然奔散。
“砰…砰砰…，”刘綎此时已经不给贼人说话逃跑的机会，数声枪响后，城上贼众被毙多人。随后又一举攻克土城。
这日刘綎亲自来，是为观察敌情，也为明日攻杨应龙老巢做好打算。
而坐困穷崖的杨应龙，已感知到自己的末日即将到来，只是心中还有些许不忿、不甘、不服……
他将亲信叫来，吩咐道：“你去，散银千两也好，万两也好，总之，把敢战之人都给我找来拒敌……我就不信，重赏之下没有勇夫？”
亲兵为难的看着他，但也没多说什么，领命下去。然而杨应龙不知道的是，囤中的苗兵早已骇然四奔，无一人响应他的号召。
五日，以刘綎为主的一路军，开始正面进攻海龙囤，火器有佛郎机、百子铳、鸟铳等，直对着城门齐射。城内的守军早就领教过火器的威力，无一不肝胆俱裂。
眼见城门失守，杨应龙连续组织了三次突围，与他两个儿子亲自带队巡垒，但随后都被猛烈的火力给打退回来。
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杨应龙望着冲天大火，不禁彷徨长叹：“我杨家八百年基业，就此灰飞烟灭！”
转身又见妻妾，亦泣道：“我再也照顾不了你们……”
一声巨响传来，就像专为他杨应龙敲响的丧钟，城门已破，官军就要杀进来。
留给他的时间也不多了，但足以让他选择要如何赴死。
官军在一堆熊熊燃烧的瓦砾中，找到了杨应龙及他妾室的尸身，吴广生擒了其子杨朝栋和杨兆龙。
历时百日之久的播州之役，斩敌二万余人，以杨应龙彻底失败而告终。
很快，朝廷邸报就登了播州一役的战果。早就赋闲在家的前任内阁首辅申时行，见了邸报后，竟连连摇头：“诏发三省财力，又调旁近土司讨之，复添设抚臣，诸如此种，然三省财力耗费以巨亿计，楚蜀之间绎骚甚也！向使委官不索贿，应龙不系狱，调则必赴，召则必来，何至称兵叛逆？挑衅启祸必有任其责者，故好事喜功，穷兵殚财，非国家之利，事可永鉴。”
杨应龙是死了，但身后事却未了尽。