在返回地球的途中，陆川才被告知，林青肩负着另一个重任，月球上的希德种子必须被摧毁，而林青将牺牲自己，引爆飞船的发动机炸毁它。
作为一个并不怎么重要的材料学家，他被EDC放弃，用来执行这个自杀任务，而陆川作为全世界唯一能屏蔽希德粒子的人，得到了生存的资格。
这其中有不少人类意志和人性的探讨，是一个重要的燃点。
陆川和云端孤独的太空漂流，是全篇感情线的重要支撑部分。
**--远征与最后一战
即便存在着大量的牺牲，胜利的天平还是开始朝着人类倾斜。
EDC决定发起最后一战，他们将发射两艘巨大的星际飞船‘人类意志号’和‘星座号’，这两艘巨型飞船将肩负着人类文明的希望，远征木星，彻底摧毁盘踞在木卫一上最后的希德种子。
由于飞船的速度并不快，整个航程往返，需要两年的时间，EDC选择了一大批英雄人物来完成这个壮举。
这是赌上人类命运的终极一战，然而，谁也没有料到，最先发射的‘人类意志号’居然在飞离地球轨道后改变了航向，它的船员集体叛变，他们决定逃离太阳系，飞往格利泽581太阳系的宜居星系进行星际殖民。
EDC自然不会允许此事发生，为了拦截‘人类意志号’，‘星座号’被紧急发射，两艘船在地月轨道遭遇，并展开了激战，最终，‘人类意识号’被摧毁，‘星座号’也因为完成度不高，解体自毁。
人类的希望居然如儿戏般破灭，EDC并没有放弃，他们决定，用两艘飞船携带的小型‘挂载机’，继续执行远程任务。
这就像将波音客机开往木星，蜉蝣横渡太平洋一样异想天开，然而，为了人类最后的希望，这个疯狂的计划竟执行了下来。
几艘蜉蝣般渺小的挂载机开始了漫长的远征，它们将横渡茫茫星海，漂流两年的时间。
飞船的老化、损毁，希德的新型攻击手段，乘员的精神问题成了这次航程中新的威胁，在离开地球一年后，他们甚至一度认为，地球已经被希德摧毁，他们已经无家可归了。
他们成了星空中的孤儿，再也没有未来。
即便如此，他们还是决定贯彻最初的使命，摧毁木卫一上的希德。
在强大的意识支撑下，木卫一上的激战最终迎来。
在牺牲了很多人后，陆川驾驶着飞船，与早已经成长为参天大树的希德种子同归于尽。
然而，当尘埃落定，战争结束时，人们才发现，一直威胁人类的希德，并不是人类想象的那样，而陆川能屏蔽希德粒子的原因，也在这时得到了答案。
幸存者们愕然发现，人类一开始……就打错了敌人。
《先锋》的第一部故事线梗概告一段落。
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