孝定太后李氏，贵妃，神宗生母，尊为慈圣皇太后，居慈宁宫。谥曰孝定贞纯钦仁端肃弼天祚圣皇太后，合葬昭陵，别祀崇先殿。
妃嫔
秦淑妃，隆庆三年选美入宫，隆庆四年二月册封淑妃。次年生皇幼女栖霞公主朱尧姜。再次年隆庆皇帝崩，公主也在一岁多时夭折。史料参见《明穆宗实录》、《栖霞公主墓志》
刘庄妃：隆庆四年二月册为庄妃，死后谥号恭惠
魏英妃、李德妃、董端妃、马惠妃：这4位在隆庆四年二月甲子，与秦淑妃、刘庄妃同日册封为妃。史料见《明穆宗实录》
王荣妃：隆庆六年二月册封为荣妃。逝后谥号庄僖
赵和妃：隆庆六年二月册封为荣妃。逝后谥号恭静
杨安妃、赵和妃、韩容妃：这3位在隆庆五年三月庚午，同日册封为妃。史料见《明穆宗实录》
庄敬妃、李恭妃、于懿妃、叶奇妃：这4位在隆庆六年二月丙子，同日册封为妃。史料见《明穆宗实录》
江贤妃：逝后谥号静和
吴恭妃：逝后谥号昭荣
齐敬妃：逝后谥号昭静
许英妃：逝后谥号昭顺
钱安妃：逝后谥号荣悼
兄弟
哀冲太子朱载基
庄敬太子朱载壑
景恭王朱载圳
颍殇王朱载啇
戚怀王朱载垓
蓟哀王朱载?
均思王朱载壁
子女
儿子
宪怀太子朱翊釴：母裕王妃李氏，五岁殇，赠裕世子。明穆宗隆庆元（1567）年，追封谥“宪怀太子”。
靖悼王朱翊铃：未满周岁殇，赠蓝田王。明穆宗隆庆元（1567）年，追封谥“靖悼王”。
明神宗朱翊钧：母李贵妃，明穆宗隆庆二（1568）年册为太子。
潞简王朱翊镠：母李贵妃，明穆宗隆庆六（1568）年封“潞王”，明神宗万历四十二（1614）年薨，谥“简”。
女儿
蓬莱公主，早薨，明穆宗隆庆元（1567）年追封“蓬莱公主”
太和公主，早薨，明穆宗隆庆元（1567）年追封。
寿阳公主朱尧娥，明神宗万历九（1581）年，下嫁侯拱辰。
永宁公主朱尧媖，下嫁梁邦瑞，明神宗万历三十五（1607）年薨。
瑞安公主朱尧媛，孝定太后李氏女，万历十三年下嫁万炜。
延庆公主朱尧姬，万历十五年下嫁王昺。
栖霞公主朱尧姜，母淑妃秦氏。隆庆五年七月生。隆庆六年九月薨。