成化十三年(1477年)春正月，明宪宗增设西厂，用太监汪直为提督。其为员权力超过东厂，活动范围自京师遍及各地。及至宪宗时又复设立“西厂“。这个机构“不特刺奸之权，薰灼中外，并东厂官校，亦得稽察“。其后虽因内阁大学士的“谏阻而罢“，但至武宗时“西厂复设“，形成东西“两厂对峙“的局面。更有甚者，未几又设立“内行厂“，以大宦官“刘瑾躬自领之“，东厂、西厂皆受监临，“逻卒四出，天下骚然“。
明朝后期，阶级矛盾、民族矛盾、统治集团内部矛盾日益激化，封建**的皇权面临严重危机，明熹宗重用宦官魏忠贤，把中国历史上的宦官专权推到登峰造极的地步。魏忠贤在宫内选会武艺的宦官组成一支万人武装队伍，作为羽翼;在外收罗齐楚浙党为主的官吏作义子走卒，人称“阉党“。文臣有崔呈秀等“五虎“，武将有田尔耕等“五彪“，还有“十孩儿“、“四十孙“等，“自内阁、六部至四方总督、巡抚，徧置死党“。秉笔批红，掌握朝政，从首辅至百僚，都由他任意升迁削夺;他握有军权，可随意任免督、抚大臣;他也握有经济大权，派亲信太监总督京师和通州仓库，提督漕运河道，派税监四出搜括民财。“内外大权一归忠贤“。出门车仗，形同皇帝，所过之处，士大夫都跪在道旁高呼九千岁。阉党和无耻官吏还竞相在各地为他修建生祠，一祠耗银数万乃至数十万两，祠成后，地方官要春秋祭享，官、民入祠不拜者论死。魏忠贤专权时，厂卫特务更是空前嚣张。
熹宗天启三年(1623年)，他自任东厂提督;锦衣卫的都督，则是他的干儿子田尔耕。厂卫勾结，大兴冤狱，残害异己官吏，勒索钱财，暴虐百姓。“民间偶语，或触忠贤，辄被擒僇，甚至剥皮、刲舌，所杀不可胜数，道路以目“(《明史·魏忠贤传》)一次，京城四个平民在密室夜饮，一人酒酣耳热，大骂魏忠贤，其余三人不敢出声。骂者话音未了，突有隶役数人冲入，捉四人面见魏忠贤，魏下令将骂人者当场剥皮，另三人赏钱放回。生还者吓得魂飞魄散，险成疯疾。魏忠贤肆虐专政七年，使明末各种社会矛盾更加激化，加速了明王朝的崩溃。思宗即位后，虽然逮捕了魏忠贤，罢逐了阉党，但积重难返，他仍然任宦官、倚厂卫，还振振有词地埋怨大臣:“苟群臣殚心为国，朕何事乎内臣“(《明史·宦官传》)，就这样直到明朝灭亡。
官员设置
东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。通常由司礼监中排名第二或者第三的秉笔太监担任，其官衔全称为“钦差总督东厂官校办事太监“，简称“提督东厂“。东厂的属官有掌刑千户、理刑百户各一员，由锦衣卫千户、百户来担任，称贴刑官。
除此以外，设掌班、领班、司房四十多人，由锦衣卫拨给，分为子丑寅卯十二颗，颗管事戴圆帽，着皂靴，穿褐衫。其余的人靴帽相同，但穿直身。
具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，又叫“档头“，共有一百多人，也分子丑寅卯十二颗，一律戴尖帽，着白皮靴，穿褐色衣服，系小绦。役长各统帅番役数名，番役又叫“番子“，又叫“干事“，这些人也是由锦衣卫中挑选的精干分子组成。
东厂不仅在机构及人员配置上更加精干合理，而且在侦缉行动上制订了相当严密的制度。如每月初一东厂都要集中布置当月的侦缉工作，厂役在东厂内抽签决定所负责的地盘。在文献记载中可以发现，东厂厂役的工作种类都有特殊的名称。例如监视朝中各部官员会审大狱及锦衣卫拷讯罪犯者名为“听记“，在各处地方官府访缉者名为“坐记“，还有某位官员有何举措，或某城门捕得要犯，胥吏记录上报东厂者名为“打事件“。
东厂第一任厂主已不可考，《明史·成祖三》记载“是年，始设东厂，命中官剌事。“
明代大太监王振、刘瑾、冯保、魏忠贤都曾统领东厂。到了明末，东厂也有了自己的监狱。
主要职能
刑狱审讯
东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势“。一人掌理，委以缉访刺探的大权。起初东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理;但到了明末，东厂也有了自己的监狱。
东厂的侦缉范围非常广:一、朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审。二、朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动。