林冲犯难了，一下子要管理好六万多人，不是一件容易的事，通过这一个月来的代管，他发现了这几个方面的工作难度：
一、卫生问题；
二、生理需求问题；
三、后勤保障问题；
四、军纪军规军法问题
五、军与民关系问题。
呼延灼临走前，突然将这支五万人的奇军交到他手里，再加上梁山那边又转移过来一万多人，这六万多人让他防不胜防，他只当过八十万禁军教头，是朝廷高级军事教练，可与这当副军长有天壤之别。
下面一条一条的问题给他分析清楚，给他整顺整明白：
首先来看卫生问题，由于人多了，随地大小便是个大问题，记得还在梁山水泊的时候，一出大厅都可见到屎尿成堆堆，更有甚者，将尿液撒在“替天行道”旗杆上，每当山风一吹，那些各种各样的尿骚味迎面扑来，刚刚入伙的兄弟们，还等不到各种机会迎面扑来，却等到了各种尿骚味迎面扑来。那一堆堆的屎啊，繁衍了蚊蝇到处飞，屎壳郎到处推。总之，梁山水泊是宋江给管脏了！
林冲本是个有洁癖的人，怎受得了这些嘛，他每次想提建议，却看见宋江整天喝得烂醉如麻、儿不认母，林冲的建议还在喉咙打滚，就只好吞咽回去了。
关于卫生，他决定立规矩，整治卫生，他觉得好处多多，环境改善了，农家肥增加了，军人文明了，女兵不尴尬了。
他觉得要抓好卫生，首先从这几个方面抓：一是大量修茅厕；二是多造擦屁股的草纸；三是到处刷宣传标语，刷违者罚款警示标语；四是各个营地搞卫生运动比赛，优秀的门前挂红旗，落后的门前挂黑旗。
关于军人生理需求问题，这也是个不容忽视的大问题。
为什么每天有那么多士兵开小差，大部分逛窑子去了，还有冒着生命危险的往辽国跑，往西夏跑，往金国跑，这不要埋怨他们，处罚他们也没用，“饱汉子不知饿汉子饥”就是这个道理。
要解决这个实质性的问题，只有采取婚姻自由，若结婚的军人多了，可以划分单元宿营。
关于后勤保障问题，只有实行宜农宜兵，抓起锄头是庄稼汉，放下锄头拿起刀枪是军人。自给自足，自产自用，现在是义军了，既不是打家劫舍的绿林草寇，又不是对抗朝廷的农民起义军，依目前的局面，大辽、西夏、大金要对义军赶尽杀绝；朝廷排挤义军、诋毁义军；国人不理解义军。
关于军规军纪军法问题，比任何问题都重要，这个问题，要纳入议事日程，梁山的那些规章制度不能借鉴了，只有成立营头级别及以上的军事管理委员会，一切军规军纪军法由军事管理委员会研究决定。
关于军与民关系问题，可以在军人中树立爱民模范，在人民中树立拥军模范，努力做到军爱民、民爱军······
关于这五个方面的大问题，林冲草拟了体制改革方案，他要等林有德回来定夺，要等呼延灼回来定夺。