朱燮元，原名懋赏，字懋和，号恒岳，一号石芝，浙江承宣布政使司绍兴府山阴县人，明朝后期名臣，军事家。历官大理评事、苏州知府、广东提学副使等职，任内平反冤狱，革除民弊，又抚定织工事变。后为奉养父母而弃官家居十年，其后被起复为陕西按察使、四川左布政使。受命征讨奢安之乱，底定西南，累加至兵部尚书兼督贵州、云南、广西诸军务，赐尚方剑，再进少师、左柱国。病逝，年七十三，初谥襄毅，后改谥忠定。
朱燮元，其祖上世居于浙江绍兴府山阴县的白洋里，母亲赵氏生三子，朱燮元是赵氏最小的儿子，朱燮元中举后，曾应绍兴知府萧良干的延请，入官署教授诸子经书两年。山阴江北四都频遭水患，萧良干采纳朱燮元的建议，亲临沿海察勘，遂于白洋山右建山西闸，以杀西小江上流水势而补三江之不足，濒海数十万居民都赖以为安，朱燮元曾于安昌勒碑，以记述此事。
朱燮元登进士第，被授官大理评事。当时，山西豪绅刘申等横行乡里，既而事发，此案系狱十年不决，朱燮元受理此案，不为权贵所请，详细调查之后定案断决，平反者达到三百余人。
朱燮元出任苏州知府。苏州财赋甲天下，邑县、府吏多有漏弊，乃于府库中编列各县之名，但凡乡邑的赋输送到的，就令该县官入库，自行封识此赋。等到支解进京后，再让某位官员亲自开验，全程不让府吏插手，属邑中自此也没有了借漏耗之名滥取民财的情况。矿税使孙隆在苏州横征暴敛，激起葛成为首的万余织工群起抗暴，其时朱燮元已升为四川按察司副使，束装待行。诸大吏惊慌失措，飞檄请朱燮元平乱，朱燮元以“兵以御外寇者”，“且众怒难犯”为由，反对用兵镇压，以恩义劝谕解散，葛成挺身投案。
永宁土司奢崇明部下樊龙、樊虎杀重庆巡抚徐可求等，占据重庆，夺取遵义。随后，奢崇明僣称伪号，举所部及蛮部数万，分道进攻，叛军连破四十一州县，水陆并进，包围成都。蜀王朱至澍邀请即将入朝觐见的朱燮元留下治军，朝廷闻讯，当即升授朱燮元为佥都御史、巡抚四川，河南巡抚张我续总督四川、贵州、云南、湖广军。
当时，成都只有两千兵力，粮饷又严重不足，朱燮元先是檄召石砫、罗纲、龙安、松、茂等道兵力火速来援，又将成都城附近两百里的粟收入城中，布置下属分守四面。叛军以障革包裹竹牌，钩梯攀登城墙，并垒砌土山，建设蓬荜，用弩箭向守军发动攻击。朱燮元指挥守军以火器退敌，并派人决都江堰水灌注城壕，迫使叛军修桥，减缓攻势，随后诛杀城中通敌的叛徒，召募死士焚毁叛军在城外的望楼，击杀首领三人。
不久，援军逐渐赶来，并多有捷报，但叛军的势力也日渐壮大。一次，突然有数千叛军跟随一座“长五十丈”的吕公车抵达城下，因其形体巨大，使得守城军民极为惊恐，朱燮元一面镇静人心，一面利用吕公车行动笨重，易受攻击的弱点，调动巨木作为机关，“转索发炮，飞千钧石”，又用大炮轰击拖车的牛，群牛受惊逃散，叛军败退。
之后，朱燮元通过被叛军俘获的诸生招降了叛将罗象乾，并以诚相待，罗象乾感激不已，在此后不断将叛军的情报告知明军。朱燮元于是派部将诈降，引诱奢崇明来到城下，奢崇明发觉伏兵，当即逃脱，罗象乾放火夺取敌营。奢崇明父子败走泸州，罗象乾率部投降，成都之围，历时一百零二日，自此解除。成都解围后，张我续所部抵达，各部配合收复四川的州、县、卫所共四十多处，副使徐如珂与石柱宣抚使秦良玉等攻克重庆，击斩樊龙，朱燮元所派部将也相继收复建武、长宁及泸州等地。
然而，奢崇明死灰复燃，联合贵州水西土司安邦彦再次起兵犯黔。朝廷录朱燮元守城之功，加其为兵部侍郎，总督四川及湖广荆、岳、郧、襄、陕西汉中五府军务，兼巡抚四川，以总督贵州军务杨述中接替张我续，进击奢安之乱。但因朱燮元、杨述中分阃治军，川、贵之间各自为政，故使乱军势力愈发壮大。
朱燮元为彻底铲除奢氏，召集诸军，自长宁连破麻塘坎、观音庵、青山崖、天蓬洞诸砦，与秦良玉所部合兵直取永宁。在土地坎击破奢寅，追击至老军营、凉伞铺，杀樊虎，又穷追于横山，入青岗坪，直抵永宁城下，一举攻克，降服叛军两万人。同时，副总兵秦衍祚等也收复遵义。奢崇明父子逃入红崖大囤，被明军攻破，连拔天台、白崖、楠木诸囤，抚定红潦等四十八砦。奢崇明逃入旧蔺州城，又遭罗象乾驱逐，率残部逃奔水西龙场客仲坝，投靠倚其妹奢社辉。
此时，安邦彦收到奢崇明的求救讯息，派小股部队试探性进攻遵义、永宁，被朱燮元击退。随后，总兵官李维新等连破客仲巢、龙场，奢崇明父子窜逃深箐，其妻安氏、弟弟奢崇辉被俘，朝廷录功，进授朱燮元为右都御史兼兵部左侍郎。