然而鲁穆公显然并不能像吴起一般，做到将一切外物都视作筹码的程度，相对来说，他作为一个君王，还有些人性。吴起虽然对他更有价值，但是吴起能够毫不犹豫地杀死自己妻子，以博得信任和权力的行为，令这位似乎还有些人性的君王胆战心惊，他固然渴望更多的利益，但是他缺乏自信，担心当有一天自己的欲望和这个冷酷无情的杀戮者产生冲突的时候，自己并不能抵御这把可怕的凶刀。一个能够丝毫不在意自己亲人的疯子，又何来对君王的忠诚呢？
虽然战胜齐国保护了鲁国的利益，但是吴起毫不惋惜地杀死自己妻子的冷血行径也让鲁穆公对吴起胆战心惊，敬而远之。吴起很快被排挤出了鲁国，但是在他看来，似乎也并不是什么坏事，鲁国如此弱小，他的筹码不足以实现自己人生战斗的目标，既然如此，能够借用鲁国的军队，给自己打出些名气，也算是值得了。那亡妻，安息吧。
公元前409年，雄心勃勃的魏国开国之君魏文侯启用吴起，率领大军，向西攻伐，击败秦军，攻克秦国河西地区临晋、元里，并筑城占领。公元前408年，魏军休整一年之后，吴起再次领军，攻打秦国，击败秦军并至郑县，秦军退守洛水，沿河布防。吴起声威大震，魏国霸业初成。
吴起率领士卒，有一个极其古怪的做法，在那个阶级壁垒森严的时代里，身为统军大将，他却毫不以官员将领的高贵身份自居，竟然与低贱的士卒同居同食！简朴平易令士卒们交口赞叹。与秦国战争时期，吴起甚至到了倒头就睡在坑坑洼洼的田野地头，随便抓起点树叶稻草挡寒的程度。
吴起与秦战，舍不平陇亩，朴樕盖之，以蔽霜露。如此何也？不自高人故也。
——《尉缭子》
如此一来，每一个士兵都觉得，吴起将军值得他们付出性命来追随，这个国家也值得用鲜血去捍卫。凭借着勇猛的战斗精神和人人用命的坚强意志，吴起率领魏国军队，连续击败秦国，开疆拓土。
战事稳定之后，吴起立刻开始着手改革军制，很快，一种先进的军事理念——武卒制，诞生了。其核心思想，就是将原本的战时动员和世家雇佣军体系彻底摧毁，由国家来训练和掌控一支专门用于作战的军队，军农分离，将战斗职业化。并且，详细地将部队的功能分割开来，将战斗方式相近的部队各个独立，形成作战集群体系。
这种改革，在战国时代有着颠覆性的效果，将军队这个国家机器的重要支撑力量彻底从农业生产中解放和脱离出来，形成一种专门的、具备足够技术性的职业，是武卒制的精髓。一名具备合格军事素养和作战技巧的武卒，因为人力的客观限制，或许无法打败两三名临时征召的普通士兵，而当一个具有一定规模战斗序列的武卒单位，按照系统而精确的战斗部署发挥战力的时候，绝对是人数两三倍于己方但却没有系统训练过的征召军无法抵挡的。
系统化的军队体系为整个战国时代更大规模、更加惨烈的战争打开了一扇大门，更加高效而科学的杀戮成为了一种职业。军队从农耕体系中脱离出来，加速了奴隶制度的崩溃，沉重地打击了拥有农耕奴隶、战时应招成军的大奴隶主和旧贵族势力。无论他们是否愿意，更加锋利的刀剑，显然是君王们愿意付出一定代价去追寻的。
其实，这与吴起结合所学的兵家思想和儒家理念有着密切的联系，绝对实用主义者吴起可以把任何能够实现自己目标的手段都毫不犹豫地执行并运用起来。强大的军事能力，显然更加适合现在这个混乱的局势。而儒家思想中的施恩士卒、仁义鼓舞士气的手段，也被吴起运用得淋漓尽致。
魏国将武卒制认真地推广开来，一时间，国土并不广袤的中原魏国，一跃成为了战国初期各国敬畏的霸主。没有什么比事实更具有说服力。各国从魏国的军事改革效果上，认可了武卒制的先进性。
先进的军事体系带来的战斗力远远比一片富饶的土地更加重要。没有足够的武力，再多的财富和农田也不过是等待别人收割的肥羊。魏国上下都认可了这次巨大的变革，但此时，重用吴起的伯乐——魏文侯离开了人世。其子魏武侯继位。一次，与吴起乘船共游，至河中，魏王感叹：“美哉乎山河之固，此魏国之宝也！”而始终算计着如何才能更加有效地发展国家、战胜敌人的吴起，随口回答道：“国家政权的稳固，在于施德于民，而不在于地理形势的险要。从前三苗氏左临洞庭湖，右濒彭蠡泽，因为它不修德行，不讲信义，所以夏禹能灭掉它。夏桀的领土，左临黄河、济水，右靠泰山、华山，伊阙山在它的南边，羊肠坂在它的北面。因为他不施仁政，所以商汤放逐了他。殷纣的领土，左边有孟门山，右边有太行山，常山在它的北边，黄河流经它的南面，因为他不施仁德，武王把他杀了。由此看来，政权稳固在于给百姓施以恩德，不在于地理形势的险要。如果您不施恩德，即便同乘一条船的人也会变成您的仇敌啊！”
魏文侯既卒，起事其子武侯。武侯浮西河而下，中流，顾而谓吴起曰：“美哉乎山河之固，此魏国之宝也！”起对曰：“在德不在险。昔三苗氏左洞庭，右彭蠡，德义不修，禹灭之。夏桀之居，左河济，右泰华，伊阙在其南，羊肠在其北，修政不仁，汤放之。殷纣之国，左孟门，右太行，常山在其北，大河经其南，修政不德，武王杀之。由此观之，在德不在险。若君不修德，舟中之人尽为敌国也。”