司马颙的关中兵击退司马越之后，并没有撤退，而是赖在了洛阳不想走。这些兵将乃是地方军阀，长期围在洛阳名不正言不顺，广受舆论诟病，并不受待见，渐渐地在洛阳就呆不下去了。不过他们不甘心将辛辛苦苦掌握的皇权拱手让给他人，想来个挟天子以令诸侯，于是做了一个大胆莽撞的决定，带着司马衷和司马颖一起回长安。临走之前，也像司马越的人马洗劫邺城一样，对洛阳城进行了一次大劫掠。可怜被魏晋两朝经营数代的洛阳宫殿，无数珍宝财货，一朝被洗劫一空。虽说都是遭乱兵劫掠，但邺城和洛阳两者的性质和后果天差地别。邺城除了是军事驻地之外，本质上只是一个县城。邺城被洗劫只是损失一些人口和财货而已。而洛阳乃是京师所在，其被洗劫，且不论人口财货几十倍于邺城，单就对大晋的威严等精神层面的打击来说，都是不可估量的。
司马衷被劫到长安以后，司马颙准备把长安作为都城，洛阳作为陪都，号称东西台。司马颙现在是一家独大，独掌政权，而且是在自己地盘上挟天子以令诸侯，十分畅快，野心得到极大满足。权力在手，当然要运用。他最在意的当然是储君问题了。
逃到长安的皇太弟司马颖，没了实力和威望，犹如丧家之犬。从十几年前讨伐司马亮开始，到讨伐司马伦，再到对付司马冏、司马乂、司马越，司马颙和司马颖一直都是同一条战线的。司马颙之所以一直力挺司马颖，完全是因为司马颖是皇室至亲且实力强大的缘故，可如今司马颖大势已去，完全没有必要再忌惮他了。而且现在司马颖的名声十分不好，对自己不利，所以司马颙决定废掉司马颖的皇太弟称号，另立储君。
司马衷的子孙死绝了之后，最近的血亲当属他的兄弟们了。司马衷的兄弟原本可真不少。他父亲武帝司马炎一共生有二十六个儿子，可悲的是经过这些年的互相攻伐，只剩下四位了，还包括司马衷在内。再除去司马颖，就只有两位，其中的一位材质还十分的庸下。于是储君的人选就只剩下一个——也就是豫章王司马炽了。
册立了司马炽做皇太弟后，为了安抚实力不可小觑的司马越，司马颙决定邀请他与自己共同辅政。司马越当然不会傻到自己给司马颙送上门去。不过他也不甘心安于现状，派使者到长安谈判，承诺只要能够将皇帝送回洛阳，情愿与司马颙分陕而治。
司马颙自以为实力强大，当然并不买他这个账。
于是司马越就像讨伐司马颖那样发起檄文，起兵要征讨司马颙。擅自劫持皇帝不还，并且要改换都城，这无疑会引起天下人的怨愤。司马越的檄文似乎是站在了正义的角度上，所以有很多的响应者。
司马越带领所谓的正义之师逼近长安。又利用离间之计让司马颙斩杀了他自己的大将。等到司马颙明白过来却为时已晚。他害了怕，知道难以抵挡司马越一方的“正义之师”，便主动求和。在胜负已经很明朗的情况下，这次轮到司马越不买账了。最终，司马越攻入长安，成功将司马衷带回了洛阳。而长安也免不了被洗劫一场的命运。
司马颖和司马颙分别仓皇逃离。此时的司马颙自身尚且难顾，当然保不了司马颖了。
西征军撤离之后，司马颙潜回自己的长安大本营。由于丧失了邺城，司马颖没有了自己的根据地，没过多久就被司马越诱捕杀害。这一对自始至终一直是同一条战线的远房叔侄盟友到最后只能是大难来时各自飞了。而暂时安定的司马颙最终也没能逃脱司马越的毒手。
本来司马颙要是安安心心地固守长安这块大本营的，司马越一时还不能把他怎么样。可是在识时务方面，他比司马越差得远。司马颙在长安拥天子的时候，曾邀请司马越来长安共同辅政，可司马越没有答应；而今在洛阳拥天子的司马越以其人之道还治其人之身，邀请司马颙入洛阳与自己共同辅政。