然而，《五藏山经》所描述的山川有些是存在的，特别是《中山经》里的山，《五藏山经》(即“山经“)本是以一些真实的山川为基础来叙事的，但说到荒远无稽的极地，已是无能为力，只能凭借想象向壁虚构了。到清人编《四库全书》，则说其“侈谈神怪，百无一真，是直小说之祖耳。入之史部，未为允也“，遂改列子部小说家类。
在班固《汉书·艺文志》中，着录有“《山海经》十三篇“，并将其列为“数术略“中“形法“类之首，但所列仅目，内容早佚。传世《山海经》全书篇幅不大，不到三万二千字，包括《山经》和《海经》两大部分。
《山经》分为《山海经·南山经》、《山海经·西山经》、《山海经·北山经》、《山海经·东山经》、《山海经·中山经》5个部分，故《山经》又称作《五臧山经》或作《五藏山经》，臧、藏为古今字。
《海经》分为《山海经·海外经》、《山海经·海内经》。其中《山海经·海外经》包括《山海经·海外南经》、《山海经·海外西经》、《山海经·海外北经》、《山海经·海外东经》4个部分；《海内经》包括《山海经·海内南经》、《山海经·海内西经》、《山海经·海内北经》、《山海经·海内东经》4个部分。
《山海经》的篇章结构与众不同。除《大荒经》以下五篇外，其方位展开顺序不是习以为常的东、南、西、北，而是有悖常法的南、西、北、东。蒙文通曾经据此为论据之一指出，《山海经》是古代南方即古巴蜀和楚人的作品，故在篇章安排上以南方为首，后人也多袭其说。但是，先秦典籍甚多，经现代学者梳理后，并未见到有与此类似的事例，因此，倘若单凭此点，今人少有采信。
《山海经》是一部充满着神奇色彩的着作，内容无奇不有，无所不包，蕴藏着丰富的地理学、神话学、民俗学、科学史、宗教学、民族学、医学等学科的宝贵资料，它的学术价值涉及多个学科领域，它大量地、有条序地记载了当时中国的自然地理要素及人文地理的内容，如山系、水文、动物、植物、矿藏、国家地理、经济、社会文化风俗等，细心钻研，深入探讨，就不愁没有新发现。
《山海经》虽然不是纯粹的地理书，但其地理学内涵是第一位的，它从各个方向有秩序、有条理地记叙各地的地理特征，包括自然地理特征和人文地理特征。
首先，《山海经》有自然地理记述。这包括记载了许许多多的山，如“堂庭之山“、“杻阳之山“、“青丘之山“、“箕尾之山“等，而每座山的命名是根据山的地貌而定的，这些山也体现了山系的走势；以及极其丰富的水文记载，河流大都记明了源头和注入之处，河流的发源地可以在某一山麓，而它的注入处却远离此山。