在《山海经》的神话中，不仅可以看到巫师的活动，也可以看到古代民族的信仰、崇拜等。在《山海经》中，存在着大量的神奇动物的记载，这些动物主要是鸟、兽、龙、蛇之类，它们往往具有神奇的力量。这些动物很可能就是古人的图腾崇拜。如上文所引的《海外西经》中的文字。“巫咸国在女丑北，右手操青蛇，左手操赤蛇。“蛇可能就是巫咸国的图腾。研究华夏古代的宗教信仰，《山海经》是必不可少的参考资料。
《山海经》中的神话传说不仅仅是神话传说，同时，在一定程度上它又是历史。虽然由于浓厚的神话色彩，其真实性要大打折扣，但是，它们毕竟留下了历史的影子。把几条类似的材料加以比较，有时还是可以看到历史的真实面貌的。例如上文所引《大荒北经》中黄帝战蚩尤的记载，剔除其神话色彩，我们可以从中看到一场古代部落之间的残酷战争，但却极无荒谬，很难看清其中的真伪。又如《大荒西经》、《海内经》中记载了一个黄帝的谱系：黄帝妻嫘祖，生昌意。昌意降处若水，生韩流。韩流擢首、谨耳、人面、豕喙、麟身、渠股、豚止，取淖子曰阿女，生帝颛顼，《海内经》。颛顼生老童，老童生重乃黎。帝令重献上天，令黎邛下地。下地是生噎，处于西极，以行日月星辰之行次。《大荒西经》这个谱系具有传奇色彩，具有神谱的性质，但是，它与《大戴礼记·帝系篇》、《史记·五帝本纪》、皇甫谧《帝王世纪》基本相同。
《山海经》又是一部科技史，它既记载了古代科学家们的创造发明，也有他们的科学实践活动，还反映了当时的科学思想以及已经达到的科学技术水平。例如，关于农业生产，《大荒海内经》载：“后稷是始播百谷“，“叔均是始作牛耕“。《大荒北经》载：“叔均乃为田祖。“关于手工业，《大荒海内经》载：“义均是始为巧亻垂，是始作下民百巧。“关于天文、历法，《大荒海内经》载：“噎鸣生岁有十二。“
《大荒西经》载：“帝令重献上天，令黎邛下地。下地是生噎处于西极，以行日月星辰之次。“诸如此类的记载不胜枚举。有一些自然现象的记载尤其珍贵，这在其他书中是看不到的，如《海外北经》载：“钟山之神，名曰烛阴。视为昼，暝为夜；吹为冬，呼为夏；不饮、不食、不息、息为风。身长千里。在无上启下月之东。其为物，人面，蛇身，赤色，居钟山下。“
《山海经》中还有关于先民科技成果的记载。《山海经》大量记载了先秦时代数千农耕文化的科技生产成果。它还记载了农业生产情况：“西南黑水之间，有都广之野。后稷葬焉，爱有膏菽、膏稻、膏黍、膏稷，百谷自生，冬夏播琴。鸾鸟自歌，凤鸟自舞。灵寿华实，草木所聚。“