多数学者认为，郭璞《山海经传》应当是传自汉代刘向、刘歆即刘秀合编校后的版本，根据在于，郭本《山海经传》卷首有刘秀《上山海经表》一篇，刘秀明言献上《山海经》18卷，但其所献古籍早无存世，内容无考。
东晋时文学家郭璞对《山海经》进行了整理，并作了精细的注释工作，对于了解《山海经》原文有极大帮助。现存《山海经》均来源于郭璞注本，如果没有郭璞的注解，《山海经》这部珍贵古籍也许会被湮没在历史长河中。并且，郭璞版的《山海经注》是带注、赞、图的，但郭本原图早已佚失，较重要版本、近人袁珂的《山海经校注》，所附插图150幅，绝大多数都是采用吴任臣的《山海经广注》一书的附图，其它有附图的《山海经》版本大多也是选用明清学者《山海经》版本的附图。明、清以前更早的《山海经》版本所附的古图亦均已失传，现所知道的山海经附图，均为单幅插图，没有涉及地理方位。
之后，据袁珂《山海经校注》一书，比较重要的《山海经》版本及其研究专着，计有明代学者撰写的《山海经补注》杨慎、《山海经释义》附图，王崇庆，以及清代学者撰写的《山海经广注》吴任臣、《山海经存》附图，汪绂、《山海经新校正》毕远、《山海经笺疏》郝懿行、《山海经地理今释》吴承志。
最早提到“山海经“的信史，是司马迁的《史记》，其卷一百二十三《大宛列传》第六十三有：“太史公曰：《禹本纪》言“河出昆仑。昆仑其高二千五百余里，日月所相避隐为光明也。其上有醴泉、瑶池“。今自张骞使大夏之后也，穷河源，恶睹《本纪》所谓昆仑者乎？故言九州山川，《尚书》近之矣。至《禹本纪》、《山海经》所有怪物，余不敢言也。“
现可见《山海经》最早版本是郭璞《山海经注》，其卷首有西汉刘秀《上山海经表》，全文如下：侍中奉车都尉光禄大夫臣秀领校、秘书言校、秘书太常属臣望所校《山海经》凡三十二，今定为一十八篇，已定。《山海经》者，出於唐虞之际。昔洪水洋溢，漫衍中国，民人失据，於丘陵，巢於树木。鲧既无功，而帝尧使禹继之。禹乘四载，随山刊本，定高山大川。益与伯翳主驱禽兽，命山川，类草木，别水土，四岳佐之，以周四方，逮人迹所希至，及舟舆之所罕到。内别五方之山，外分八方之海，纪其珍宝奇物，异方之所生，水土草木禽兽昆虫麟凤之所止，祯祥之所隐，及四海之外绝域之国，殊类之人。禹别九州，任土作贡，而益等类物善恶，着《山海经》，皆圣贤之遗事，古文之着明者也。其事质明有信。考武皇帝时，尝有献异鸟者。食之百物，所不肯食。东方朔见之，言其鸟名，又言其所当食，如朔言。