练习方式有多种多样，有坐功、睡功、通过套路练习来催内气等等。
坐功分三种姿势，分别为地盘、人盘、天盘。
地盘的姿势最简单。盘腿，背要直，双手捏兰花指放与双腿弯曲处。最重要的是：气沉丹田；心里默数自己的呼吸，如果中间发生错乱就从新来过。数得越多，功力越深。若能数到100，那就证明心收了些；若数到1000，那你的心就已经收得很深了。
人盘和天盘在姿势上有些变化，单单靠文字不好说明。睡功姿势只用文字也不好说。
关于清净孤修派丹法的步骤，一般分为四个阶段。第一阶段为筑基入手功夫，称为道术筑基阶段主要是补足全身生理机能一亏损，同时初步打通任督和三关的径路，直至气通、全身经络通畅，达到精满、气足、神旺，为内丹仙术作准备。第二阶段为炼精化炁，称为初关仙术百日关。这段功法以元精为药物，包括调药、采药、封炉、炼药、止火几个步骤，属小周天功夫。第三阶段为炼炁化神，称为中关仙术十月关。这段功法先要经过“大死七日”的入圜释教称坐关或闭关，过渡步骤，随之“采大药”、“养胎”，进入无为的入定功夫。第四阶段为炼神还虚，称作上关仙术九年关。炼神还虚纯为性功，约九年，前三年神超内院、哺乳温养；后六年调神出壳，直至虚空粉碎，合道成仙。下、中、上三关仙术各约需百日、十月、九年等时日。但亦因人而异。今依《上品丹法节次》简述如下：炼己存诚，其要诀为惩忿窒欲、虚寂恒诚；扫除后天之习染，独露先天之真体；使识神退位，元神呈现；息断俗缘，退藏于密。丹家收拾身心，凝神定虑，即归中宫祖窍，养自我本来一点灵光，常应常静，二年三年，积久益善，促开玄关一窍。
筑基培药其功法为择地入圜，身心意不动，收摄精气神三宝归于中宫，时时觉照.刻刻规中.借假修真，以玄关一窍立基敛藏神炁，行抱元守一之诀。此法纯熟，更复坐忘内视，行凝神入炁穴之功，活子时至元阳生，勃然机发，于恍惚杳冥之中，先天一炁自虚无中来。龙生于离，虎生于坎，当虚极静笃之时，将元神沉于羔穴.听其自呼自吸，采有气无质之壬水，坎中真阳，以真意摄入中宫，与离中真阴会合。
坎离交靖其功法要心息相依，身心不动，神羔凝结，于虚极静笃中，忽觉海底蠕动有光透出，似初三新月.或如粟如珠，照在腹部，乃金炁初现之象。而后以真意引药穿尾间，经夹脊，透玉枕，入泥丸，游九宫，自上腮滴下鹊桥，似醒酗甘露，沿赤道复归炁穴，行归复法，为胎息入手功夫。
周天火候丹家循任督运小周天炼药，自子时至巳时进阳火，应乾之策二百一十六数，除去卯时沐浴三十六策不用，实行一百八十息。自午时至亥时退阴符.应坤之策一百四十四数.除去酉时沐浴二十四策不用，实行一百二十息。连同沐浴六十息，闰余二十四息，合计三百八十四息，故日周天息数微微数。