三清天说的理论基础为老子的道论和汉代元气说三清天的理论基础，是《老子》的道论和汉代的元气说。《老子》第一章称:“道，……无名，天地之始;有名，万物之母。“第四十二章云:“道生一，一生二，二生三，三生万物。“东汉王充《论衡·谈天》篇曰:“元气未分，浑沌为一。“三清天即为:玉清天又名清微天、上清天又名禹余天、太清天又名大赤天《言毒》篇曰:“万物之生，皆禀元气。“道教初创时，即以上述思想阐发自己的宇宙观和修道论。如《太平经》在论述天地万物的起源时，曰:“夫物始于元气。““元气恍惚自然，共凝成一，名为天也按上下文义，本句'一'与天字当互换;分而生阴而成地，名为二也;因为上天下地，阴阳相合施生人，名为三也。“在论述人的生命本原时，亦据此一分为三的思想模式，将其分为精、气、神三者，曰:“三气共一，为神根也。一为精，一为神，一为气。此三者共一位也“。“神者乘气而行，故人有气则有神，有神则有气，神去则气绝，气亡则神去。故无神亦死，无气亦死。“
道教在塑造最高神及其居处时，亦运用上述思想模式，将其分为三尊而分居三个最高天界。据诸书所记，“三清天“之说经过两晋南北朝至唐代始最后形成。晋代成书的《九天生神章经》提出了此说的最初构想。略谓天地万物，皆本于三元、三气，由此化生出三尊神:“天宝君者，则大洞之尊神，……是混洞太无元高上玉皇之气，……至龙汉元年化生天宝君。出书时，号高上大有玉清宫。““灵宝君者，则洞玄之尊神，……是赤混太无之气……至龙汉开图化生灵宝君，……出书度人时，号上清玄都玉京七宝紫微宫。““神宝君者，即洞神之尊神，……是冥寂玄通元无上玉虚之气，……至赤明元年化生神宝君，……出书时号三皇洞神太清太极宫。此三号，虽年殊号异，本同一也，分为玄、元、始三气而治三宝，皆三气之尊神“。
南北朝以后，许多道士继续对玄、元、始三气及三清境加以阐发。大约成书于南北朝的《上清太上开天龙蹻经》曰:“宁君告黄帝曰:窈寂法身而生空洞，空洞之内而生太源，太源之化，三气生焉，上气曰始，中气曰元，下气曰玄。……玄元始气，三境玄根，上应三境而立三尊。““于龙汉劫时，应为天宝大洞圣君，上生玉清十二圣天;……赤明劫时，应为洞玄灵宝真君，次生上清十二真天;……上皇劫时，应为神宝洞神仙君，次生太清十二仙天“。隋代成书的《洞玄灵宝玄门大义》曰:“《九天生神章》云:'天地万物，自非三元所育、九气所导莫能生也'。……三元者，一曰混洞太无元，高上玉虚之气;二曰赤混太无元，无上紫虚之气;三曰冥寂玄通元，无上清虚之气。“