到明代中期，陈献章由朱学转向陆学。王守仁更是集心学之大成，并提出“心外无物”、“心外无理”“心即是理”的命题。在认识论上他推行“致良知”的方法，认为“良知”就是“天理”，“致良知”就是“明明德”。同时提出“知行合一”的革命性观点，反对宋儒知先行后的说法或知而不行的做法。王守仁是陆九渊以后影响最大的主观唯心主义哲学家。明代后期，王学大盛，出现了众多流派，其中以王艮为代表的泰州学派和李贽等人影响较大。泰州学派内部各人思想不尽相同，但有共同的趋势，就是强调儒家的“圣”、“贤”是人人可成的，即便是“农工商贾”也可以成圣成贤，声称“人人天地性，个个圣贤心”。李贽还提出“是非无定质”，反对封建专制主义的思想禁锢。因此，儒学是宗教，但不是一般意义上的宗教，而是一种“道德的宗教”、“人文教”，是即道德即宗教，是一种没有隔离精神、偏至精神的宗教。这也就是牟宗三所理解的“作为宗教的儒教”。
1644年，明朝灭亡，这是以汉人为统治者的华夏第二次亡国。明亡之后，以阳明学大儒黄宗羲为代表的一些儒家学者对历史进行了反思，认为“为天下之大害者，君而已矣。”
详细分支有程朱学派，崇仁学派，船山学派，春秋公羊严氏学派，慈湖学派，次仲学派，存斋晦静息庵学派，大夏侯氏尚书学派，大小戴礼学派，大兴二朱学派，钓台学派，定川学派，东发学派，东莱学派，东林学派，东原学派，东整学派，东樵学派，端临学派，尔雅学派，二江学派，二曲学派，二万学派，范吕学派，范许学派，方耕学派，费氏易学派，丰芑学派，伏氏尚书学派，高平学派，高氏易学派，萧同学派，晓庵学派，功利学派，古灵学派，古论语三家合一学派，古论语学派，古微学派，古文经学派，古文尚书学派，关学，漆雕氏儒学派，漆书尚书学派，齐论语学派，齐诗学派，广平定川学派，广平学派，龟山学派，韩诗学派，韩氏易学派，汉上学派，汉学和靖学派，河东学派，鹤山学派，横浦学派，横渠学派，衡麓学派，恒斋学派，胡学，湖湘学派华阳学派，槐堂学派，淮南九家易学派，晦翁学派，兼山学派，今文经学派，荆公新学，景迂学派，静明宝峰学派，静清学派，静修学派，静庵学派，敬庵学派，九峰学派，考亭学派，馀山学派，葵园学派，兰皋学派，朗夫学派，乐学派，春秋公羊胡母生学派，乐正氏儒学派，理初学派，里堂学派，礼经高堂氏学派，朴学，朴斋学派，颜李学派，颜氏儒学派，齐学起庵学派，钱塘二梁学派，潜邱学派，潜研学派，潜庵学派，潜庵学派，清江学派，秋农学派，邱刘学派曲园学派，容甫学派。