比如：儒者一般不信鬼神，儒教无宗教组织和宗教仪式，儒教无彼岸世界等等。实际上儒教是有的，儒者信奉上帝。依儒经，上帝“作之君、作之师”，教给君师的任务，不是让他们带领人们到上帝的世界里去，而是要他们“克相上帝，宠绥四方”，即辅佐上帝，把天下治理好。这只是教义的不同，并不是教与非教的分水岭。
第一次关于儒教是教非教的争论，是发生在基督教内部的“礼仪之争”。所谓“礼仪之争”，是早期在华基督教内部，争论儒者们祭孔、祭祖是不是宗教活动。假如是宗教活动，则从事此类活动的人就不能加入基督教；假如不是，则可以成为基督教徒。利玛窦来华，为了打开传教的局面，自辟蹊径，允许那些保持祭孔、祭祖传统的儒者加入基督教，从而打开了在华夏，传教的局面。他在给罗马公教会的报告中，声称这些活动仅仅具有纪念意义，并不具有宗教意义。而在他撰写的中国札记中，则把儒教作为华夏宗教状况的首要内容，并且明确指出：儒者们“的确相信有一位神在维护着和管理着世上的一切事物”，“这些被称为儒家的人的确承认有一位最高的神只”，儒者们“也承认别的鬼神，但这些鬼神的统治权要有限得多，受到的尊敬也差得多”。从这些札记中，我们只能得出结论说，利玛窦说儒教不是宗教，仅仅是他的传教策略而已。
第二次争论发生在20世纪初叶。康有为主张改革儒教，他的学生梁启超追随他的主张，在湖南自强学堂讲学，力主儒教就是宗教。但是变法失败以后，梁于1902年发表《保教非所以尊孔论》，认为儒教不是宗教。梁的意见立刻遭到他的老师康有为的强烈指责，但是未能改变梁的主张。从此以后，儒教不是宗教的观点就逐渐流行开来。另一个流行观点是道家非道教说。
10年后，即1912年，中华民国成立，蔡元培出任教育总长。在此以前，蔡元培曾经不止一次发表文章，包括他在德国写的学位论文，都曾明确主张儒教是教。在担任教育总长后，他首先取消了学校中保存的尊孔读经制度，不久又明确宣布儒教不是宗教，并且主张用美育取代宗教。
数年后，陈独秀创办《新青年》杂志，并在该杂志上多次着文，明确指出儒教之教只是教化之教，而不是宗教之教。
这次争论，儒教不是宗教的主张以绝对优势取得了胜利。从此以后，儒教不是宗教，中国古代是无宗教国，就成为中国学术界的定论，成为一切有关传统文化着作的立论基础。
第三次争论从1978年年底开始，任继愈先生在南京中国无神论学会成立大会上，发表儒教是宗教的演讲。后来又就此题目不止一次地发表演讲和文章，论证儒教是宗教。