在这两派的经书中也提到太上老君，但往往把它摆在一个次要的地位，有些经书甚至把它作为元始天尊或元始天王和太上道君的弟子看待。
这种分歧，在《魏书·释老志》和《隋书·经籍志》对道教的介绍中，便可明显地看出来。
《魏书》卷一百一十四《释老志》说：“道家之原，出于老子。其自言也，先天地生，以资万类。上处玉京，为神王之宗；下在紫微，为飞仙之主。”这显然是反映了天师道以老子为最高尊神的思想。
《隋书》卷三十五《经籍志》四则称：“道经者，云有元始天尊，生于太元之先，禀自然之气，冲虚凝远，莫知其极……以为天尊之体，常存不灭，每至天地初开，或在玉京之上，或在穷桑之野，授以秘道，谓之开劫度人。所度皆诸天仙上品，有太上老君……。”这明显是以元始天尊为最高尊神，太上老君也是元始天尊所传度的弟子之一，代表上清派的思想。
天师道与上清、灵宝等三个主要道派在道教最高尊神的观念方面，分歧既然有如此之大，即道教经书既有大中小之分，则造说这些经书的教主也势必会有先后等级的差别，在《云笈七笺》卷六《三洞经教部》之《三洞并序》里即称：“三洞既降，遂有大小中乘、初中后法三种分别。”那末，在三洞尊神之间，如何划分先后等级的差别呢?故道教又有“一气化三清”之说。
在上引《九天生神章经》里即含有三清皆由道气所化之意，在《三洞并序》中说：“又三洞之元，本同道气；道气惟一，应用分三，皆以诱俗修仙，从凡证道，皆渐差别，故有三名。”
即是说，三洞的本元，都是来自同一的道气，只是应用不同，才分为三个不同的名称。
尽管如此，但具体到究竟是由谁一气化三清呢?这则又有不同说法。一种意见是认为，道教的三清是由大罗天的玄、元、始三气所化而成。
如大约为东晋或南北朝初年出世的《太真科》就说：“三天最上号日大罗，是道境极地，妙气本一，唯此大罗生玄元始三燕，化为三清天也。
一曰：清微天玉清境，始气所成；二曰：禹余天上清境，元气所成；三曰：大赤天太清境，玄气所成。”
这种说法，并未解决三清尊神之间先后等级的实质问题，而且还会引来住大罗天的尊神是谁，三清尊神是否为这位尊神所化而成等一系列的问题，故道教通常又有另外两种说法，一种说法是认为，三清是由元始天尊一气所化，上清派道士多主张之。
《三洞并序》引证《业报经》和《应化经》说：“天尊日：吾以道气，化育群方，从劫到劫，因时立化。吾以龙汉元年，号无形天尊，亦名天宝君，化在玉清境，说《洞真经》十二部，以教天中九圣，大乘之道也。……吾以延康元年，号无始天尊，亦名灵宝君，化在上清境，说《洞玄经》十二部，以教天中九真，中乘之道也。……吾以赤明之年，号梵形天尊，亦名神宝君，化在太清境，说《洞神经》十二部，以教天中九仙，小乘之道也。”