诸葛亮擅治军，陈寿在《三国志·蜀志·诸葛亮传》中就曾提到，诸葛亮“治戎为长”。诸葛亮也曾在《论荐刘巴》一文中亲言：“运筹策于帷幄之中，吾不如子初远矣！若提鼓，会军门，使百姓喜勇，当与人议之耳。”可见，诸葛亮治军有方。诸葛亮善于治军有如下几个特点：首先，治军以明。诸葛亮治军以明包括正反两个方面的内容，从正面来说，诸葛亮治军以明表现为：一、提出明确的道德要求。如《将苑·谨候》一文就集中表述了这方面的内容。诸葛亮认为师出以律，失律则凶，律有十五，其中明白地指出要“勇”、“廉”、“平”、“忍”、“宽”、“信”、“敬”、“明”、“仁”、“忠”等有关道德方面的要求。《将苑·将材》一文中要求将帅要具备“仁”、“义”、“礼”、“智”、“信”的才能。《便宜十六策·阴察第十六》一文中说阴察之政要有五德：“禁暴止兵”、“赏贤罚罪”、“安仁和众”、“保大定功”、“丰挠拒谗”。二、规定严格的法令规定。如诸葛亮亲着的《法检》两卷、《军令》两卷，制定的《八务》《七戒》《六恐》《五惧》等条规。《便宜十六策·斩断第十四》一文对不听从教令的“轻”、“慢”、“盗”、“欺”、“背”、“乱”、“误”七种情形的严肃处理。
其次，以信为本。诸葛亮治军重信。诸葛亮认为，“信，重然诺也”，也就是说，“信”就是要做到言必行、行必果，言出必行。不诚者失信，如果不知道守信用，那么作战一定会失败；如果有法令而不能够执行，那么即使有百万之众，也是毫无用处。反之，如果用信义来鼓励将士，将士没有不拼命效力的。因此，诸葛亮强调治军要以信为本，“夫统武行师，以大信为本。”以信为本，就赏罚而言，诸葛亮认为要“赏罚有信”，因为用赏罚来判定功过，士卒就会知道守信用；就将帅而言，诸葛亮认为所谓信将，即“进有厚赏，退有严刑，赏不逾时，刑不择贵”。
蜀国大臣朱褒、雍闿、高定等叛变，南中豪强孟获参与其中。在北有曹魏大兵压境、东有孙权荆州军威胁，南有三郡叛乱的困难形势下，诸葛亮采取了“北抗曹魏、东和孙权”的战略，在建兴元年十月派邓芝到东吴进行修好，并取得了外交上的成功。接着，在建兴二年积极进行兵力补充、整训等战役准备工作。这样，在建兴三年初，已经具备了南下平叛作战的条件，于是，诸葛亮在成都开始组织这次南征战役。
建兴三年五月，诸葛亮大军渡过泸水，进入益州郡。在克服了气候、地形、运输等困难后，在味县以北地区追上了孟获的部队，经过激战，击败了孟获的部队，生擒孟获。接着，诸葛亮大军南下到达味县地区与李恢的部队会师。随后，大军向西挺进，进兵滇池，并分兵平定了四周的部族。建兴三年秋。整个战役胜利结束。