镇将一级损失董廷、萧拱柱、张禄、郭良玉、蓝衍、李必、魏其力、朴世用、洪复、礼仪官吴赐等多人。
原本惶惶不可终日的清廷涉险过关，郑成功金陵攻略的失利，使清军在云贵战场的胜利终成定局。
永历败逃缅甸，李定国、白文选等退到云南边蛮地区。
清廷正可全力以赴的剿灭元气大伤的郑成功，顺治有恃无恐的驱逐了郑成功的求和使臣。
清顺治十七年初，满清以毕其功于一役的决心，打算扑灭东南汉人最后的抵抗力量。以内大臣达素率领满洲禁旅直捣厦门，途中又会合了援南京的一些旗兵分队。
同时又令广东、浙江等省绿营水师向闽东集结。
郑成功返厦后，水军大体完好，仍不失为海上霸主。
但陆军伤到元气。
南京覆败全因郑成功一人轻敌葬送好局，致使上万官兵丧生，引起全军的失望与离心。在江南开创出一个蓬勃局面的希望破碎了，灰心丧气、大失所望的悲观气氛笼罩全军。
原本一支士饱马腾、跃跃欲试的精良部队，现在像是被抽掉了灵魂一般。许许多多有才能有抱负的优秀将官感到前途无望，更严峻的是，此时满清又即将大兵压境，郑军更加人心惶惶，“官兵多思逃躲”。
此时的清廷，如能沉着看待新的局面，客观找出胜利的原因，反省双方的长短，本应侧重于其一向擅长的政治手段。攻心为上，武力为辅，注重施展“招抚”、瓦解伎俩。
偏偏被胜利冲昏了头脑的此时又轮到满清一方。
对满廷来说，这场突如其来的反杀来得太过轻易，没有认真总结原因和教训。
反而继续迷信自己的武力。精神脆弱的顺治像服了兴奋剂一般，从消沉绝望一变为神气活现。
认定郑成功“力穷势蹙，大兵进剿，旦夕扑灭”。甚至妄想郑成功将“亲身剃会，自行绑缚来降”。
在这样的思想状态下，满清对于舍弓马长技而争衡于波涛之间的危险缺少清醒认识，贸然急攻，以致将“国家之根本”的上万满洲甲兵轻掷于郑氏海军强盛的火力下。
帮着郑氏集团大大减轻了南京败北带来的信心冲击。
这一失误，对满洲军事集团造成了严重伤害，影响深远，一度改变了国策走向，使不可一世的清廷甚至做出了向郑氏集团认输的部署。
也将满清全面征服郑氏集团在巨大的政治压力下，很可能由裂痕转为瓦解，走向分崩离析，甚至内讧。
这从清军在厦门惨败之后竟靠招抚诱得大批郑军官兵投降就可见一斑。
开战在即，沿途百姓再一次尝到异族铁蹄下的痛苦与屈辱滋味。尽管早就驯服于满清的统治，达素所率满洲大兵所到之处，仍“住人家，索酒肉金帛，役使主人饲马，稍违即捶楚交加”。
郑军撤出长江口后，满兵将原本“市不易肆、民不知兵”的镇江蹂躏得残破不堪。接着清廷又要调派明安达理部的满兵长驻镇江，江南苏松巡按马腾升坐不住了，“为万民请命”，苦苦哀求满洲主子“镇江之民疮痍未复”，而“满兵骄悍成习”，“若果兵临，势必侵扰，民何能安处？”。