厦门覆军对一向以武力而自豪的满清造成了一系列严重影响。。。。。。。
首先，厦门覆军对满洲民心士气的打击极为深远，有的阵亡将校的家属自杀殉夫，如《顺治实录》就记载了佐领琉助的妻子自杀，被朝廷授予烈妇。而满洲兵也没了以往的心气，厌战日甚。清方史料虽对满兵损失人数讳莫如深。
但种种迹像印证着损失的巨大，因而迫使清廷不得不做出一系列反常的举动。厦门之战后仅三个月，八月，清廷竟“议弃舟山地”，将这个反复争夺近十年、付出沉重代价，费了九牛二虎之力才稳固下来的海防要地白白让出。
置浙东宁波、绍兴以至杭州等大郡暴露于威胁于不顾，而原定在此驻守的明安达理的满、蒙部队被调回京城，可见八旗的空虚，到了不得不放弃浙江海防的地步。其后，吴三桂请求对逃亡缅甸的永历政权作最后一击，清廷竟穷得只好让爱星阿带着以蒙古八旗为主体的部队赴云南。
至于对郑成功，清廷不得不完全放弃了以武力进行征服的幻想，改为玩弄“以汉制汉”的伎俩。残余满军全部调回，防地空出，改令靖南王耿继茂停赴广西，“率领全标官兵并家口移驻福”，“凡兵机事务，悉听王调度”。实际上将福建做为耿氏地盘，换取耿家去对冲郑氏。耿氏也不傻，改行招抚政策，专以诱降分化郑氏，一边养蓄实力。久之又酿成耿氏日益坐大于福建，日后参加三藩之乱的祸事。
康熙三年，清廷转而集中力量，剿灭内陆最后一股抗清复明力量：夔东十三家。这本是一支孤立无援，已渐趋衰落的对手，清廷除投入三省数万绿营之外，出动的满军阵容之豪华：靖西将军、工部大臣兼镶黄旗都统穆里玛（鳌拜之弟）、定西将军兼正黄旗都统图海、正红旗都统觉罗巴尔布。
辅国公兼正蓝旗都统穆琛、镶红旗副都统贺布索。以及西安将军傅喀禅、镶红旗副都统杜敏；正黄旗护军统领孙达理、正蓝旗护军统领科尔昆。也就是说，清廷对一支平时并不太重视的孤立之敌。
竟出动了四个完整的满洲旗、两支满洲护军旗，外加大半满洲镶红旗的人马！比过去征李自成、征弘光政权、征李定国这些命运决战的阵容还强。这足以证明满洲各旗此时损耗过大，严重不满员，才需要动用如此多的番号。
更值得玩味的是，顺治于十八年刚死，尸骨未寒，就有一人迫不及待跳出来尽杀郑芝龙全家，而且是冒着矫诏的大罪。此人不是别人，正是白旗系首领苏克萨哈。
其实从清廷大局来说，当时郑成功东进台湾，放弃了经略内地的打算，而留在厦门的郑部与在台的郑成功日渐离心离德，内部出现裂痕，在相当长一段时间里的，整个郑氏集团将处于调整期。
这也可以算是清廷招诱、分化的机会，没必要将事情做绝。