郎赛的正红旗汉军船队也被痛歼，部将章红眼、石山虎等人的船只被焚毁擒获。后阵的黄梧，见前队被歼几尽，只好停船观望，未料郑舰趁胜直冲过来，以“竹罂洋炮”横击，只装备八桨船的黄梧船队又是一片船翻人亡，“梧兵尽覆”。
海面上到处是船只的碎片与清兵浮尸在翻滚的红浪中上下起伏，到处飘浮着蝼蚁般的求救人群，被郑军严酷无情的争相杀戮，“浮尸蔽海”。
三艘满洲前锋舰被打散后在漫天烟焰中迷失方向，只顾逃命，慌乱间于九龙江口的圭屿撞滩搁浅。残剩的四百多清兵（其中满洲兵三百余人，剩下的是汉人水手船工）还以为逃回到大陆，没成想是座方圆仅两平方公里多的孤岛，被紧追不放的郑舰团团围住。
为避免无谓伤亡，国姓爷派人持令箭上岸抚慰，诱使满兵放下武器，第二天又将他们全部绑成棕子，扑通扑通扔到海里喂了鱼。那个通敌的陈鹏也被郑成功凌迟处决。
轰轰烈烈的厦门海陆大战就此告一段落。满洲精英部队自努尔哈赤起兵以来第一次遭到建制性歼灭。
战斗结束之后很久，被歼旗兵仍“尸浮海岸万余”，而大获全胜的郑军“俘获军实，分赉诸将士，举之数月不尽”，郑成功借此使他的集团走出了南京一役的阴影，洗刷前耻，也使清人未能重演当年崖山一战。
值得一提的是，此役丧命的满洲贵族为数众多，身世显赫者比比皆是。如前面提到的镶黄旗参领兼一等子爵的莫洛浑，他祖父包朗阿是努尔哈赤曾祖父觉昌安的亲哥哥。包朗阿随同努尔哈赤起兵，被明军击毙。
其子顾纳岱官至副都统又在南昌被炮杀。而莫洛浑作为顾纳岱的独生子，被杀于厦门，香火遂绝。康熙帝后来感叹包朗阿一支断苗，对莫洛浑特予超规格的两次祭奠，追升伯爵。但
死于厦门的爱新觉罗家族的成员绝不止他一个，阿哈丹、哈尔弼等人也都是努尔哈赤一系的近亲血脉。难怪郑氏一方会有顺治皇帝于厦门海战被炮杀的传言。
达素回到福州，惊魂未定，向京城老老实实的交待了惨败经过。正志得意满的满廷如被五雷轰顶------在汉人面前，满清这一次简直是输掉了裤衩！恼羞成怒的顺治像是输红眼的赌徒，不计后果的改命贝子洛讬为安南将军，与尚书车克纳带领京师剩下的最后一点残部紧急赶赴前线。