礼部尚书何维柏因给吏部尚书张瀚出谋划策，被罚俸一年。他知道再干下去，不定哪天要招来弥天大祸，便也上疏自请免职回乡。监察御史魏允贞，因揭发内阁官员科场作弊而被调出京城，任山西省巡抚。
原来，在万历2年时，张居正的儿子张敬修恰逢会试，没有考中。居正听说后大怒，下令停止馆选5年。
考馆官员吓得要命，担心停5年馆选，会耽误多少满腹经纶青年的前途，会引起士人和百姓的愤怒，酿成大祸，便忍了怒火，带了礼物找到张居正府上求情，好说歹说，张才取消了这一禁令。
鉴于第一榜已经放出，无法更改，便把张居正的次子张嗣修录取为进士第二名。下届会试，将居正大儿子敬修、三儿子懋修录取为进士及第。当时，张居正心气不顺，上疏请求致仕回乡。皇帝上为挽留、安慰他，一道圣旨，将他的三儿子懋修录取为进士第一人。
自从张居正开了这扇科考作弊的邪门之后，其后，内阁官员吕调阳、张四维、申时行纷纷效仿，他们的儿子也都一个个进士及第，进入国家高级官员的行列。就这样，神圣的、对莘莘学子充满诱惑和希望的净土——科考取士，被无情地玷污了。知情的百姓和官吏对此气得冒火，但也无可奈何。
监察御史魏允贞是位刚正不阿、铁骨铮铮的清官，他早就看不惯张居正这种滥用私人、徇私舞弊行为，就一连写了三篇奏疏，慷慨激昂，痛陈时弊，举报了张居正等内阁官员带头科场作弊的卑劣行径，并建议内阁官员子弟在中了进士之后，须任职3年后方准许廷对（殿试）。
这一下可捅了张居正的肺管子，他乘考察之机，签署一道命令，将魏允贞调往山西任职。将这些“妖异”清除之后，张居正长长地出了一口气，觉得去了一块心病。
此后，内阁官员的子弟，没有一个是凭科考成绩中进士的。
张居正根据考核结果，选拔了一批年轻有为、政绩卓着的官员补充进各要害部门。
张居正又向万历建议，精简南京政府机构，裁减浮冗官员。
明朝旧制，在江苏省设一南京，与首都北京遥遥相对，万一遇事互相策应。南京主管南方的行政事务。南京政府同朝廷一样，下设的部门同京城基本相同，官吏的编制数量并不少。时间一长，就显出这样设置的弊端：因南京管辖的范围有限，实际权力并不大，故冒滥的冗员就显得多一些。
俗话说：人多吃闲饭，鸡多不下蛋。按说人数多了各项事务应该管得细致、周到一些，但实际上，人多了却是工作效率低下，还会经常引出一些不必要的事端。
万历接到张居正的奏疏之后，马上诏准，下令裁减编制和人员，同时减少经费供给。裁汰下来的冗员，有的令其致仕，有的调任，有的降级使用，有的免职。并相应裁减了经费，减轻的中央财政的负担。
万历皇帝对对张先生这一系列裁汰行动极为赏识。张居正自己也感到满意。在这件事上，他又一次领略了权力的重要。