在巨大的压力之下，素以“老成持重”着称，实为“好好先生”的申时行也不能坐视不管了。
严办张居正，毁掉他一生名誉，抄没家产，将他全家抓起来拷问，张敬修自杀身亡......这一切，实际上早已偏离了最初的设想，太过分了！这些人的行动简直是在犯罪。再折腾下去，后果将严重到不可收拾的程度！
平心而论，张居正在职期间曾对皇上、朝廷做出过巨大贡献，对小皇帝的成长起到过至关重要的作用，促成了整个国家的和平稳定、长治久安——所有这一切，都是众所周知、不可磨灭的。放任“倒张”恶浪继续蔓延，对他这位首辅来说，也简直是纵容一桩滔天罪恶。
况且，还有“唇亡齿寒”、“兔死狐悲，物伤其类”之理。眼下自己身为首辅，坐得正是张居正曾经坐过的位置，职务正与张居正相同。如果自己一旦下台，会不会“墙倒众人推”，遭受类似张居正及后人的灾难......
还有一个因素就是万历皇帝的贪欲。当看到东厂搜到张居正的金银财宝之后，脸上不是惊讶、痛恨，而竟然是两眼放光——这是他亲眼看到的。申时行自己的家产虽然同张居正比差得多，但因他做官多年，也广有田产、财富。眼前这个翻脸无情的皇上，是不是也会像惩治张居正一样对待他呢？
申时行不寒而栗，不敢再想下去了。作为“一人之下，亿万人之上”的首辅，他必须出手了。不然，他将成为时代的罪人！
他当即起草一道奏疏，代表六卿大臣呈送万历皇上，要求实事求是评价张居正，要肯定此人在辅佐皇上方面的巨大功劳和对国家的贡献。
疏中还说，他在世时的确犯过一些错误，在执行、“考成法”、“一条鞭法”过程中也产生了一些偏差，但有些改革是新的尝试，不可避免的、必须付出的代价。把错都记在他的头上，显然是不公平的。
必须马上停止对张居正后人的惩治，将一部分财产发还。堂堂朝廷、亿万人之上的皇上，如果不能正确地对待张居正后人，岂不是“过河拆桥，卸磨杀驴”的不义之举？那样，会使皇上和朝中百官陷入不仁不义的地位。一心事公，到头来却引来被严惩、抄家的惨祸！继续下去，满朝文武，谁还敢替皇上分忧、做事？更谈不上为皇上卖命了！
一向奉行明哲保身的首辅申时行，由于感到自身潜在的巨大危机，终于仗义执言，做了一件雷厉风行、主持正义的好事。
刑部尚书潘季驯专门向万历呈上奏疏，要求姑念张居正生前功劳，功罪相抵，网开一面，对其后人宽大处理，以此体现皇上对朝中大臣的安抚。疏中言辞极为恳切，情绪殊为激烈。
官职低微的赵南星等人也联名上疏，要求公正评价张居正，给已故首辅后人施以怀柔政策。申时行草草地看了两眼，与同类奏疏文摞在一起，准备再次向皇上提交。
他虽然与赵南星只有一面之交，然印象较深。记得他曾因开水田这件事专门找到公厅，当时他钦佩他的胆识和智慧。当然，对于他与其他官吏共同提的建议并未采纳，而导致京东开水田的大事告吹。但是，他对这位年轻人的闯劲和见识还是首肯的。