一个高级官员，能做到能上能下、能屈能伸，这一点确实不容易啊。你想啊，一个朝廷高级官员，竟然到一个小县任职，而且干得风生水起，百姓们交口称赞，那是特不容易！我大明朝就需要这样敢做敢当、责任心极强的官员！
于是，申时行草拟了条陈，派手下官员直接送给皇上，想把赵南星早日召回朝廷。朝中正直官员多了，正气自然会压倒邪气。虽说大船暂时偏离了航线，自然会有正直官吏们来校正。
可是，邪派官吏见他们的对头赵南星，将要返回朝廷又回到吏部，其后十有八九会受到重用！他们心中冒火，蓄意反攻。
他们的目的是，轻者将赵南星贬斥回乡，重者将他逮捕法办！
于是，他们又连夜写了奏疏上报皇上。编造了赵南星在云南当县官期间，与州、府官吏互相勾结，狼狈为奸，培植私人势力，意欲谋反的疏文。
如果让其官复原职，纯粹是引狼入室，望皇上以大局为重，采取果断措施，早日扑灭这股可怕势力，以保证国家的长治久安。
詹仰庇、吴时来、黄洪宪等又联合其他邪派官吏一起，连夜编造了赵南星的“罪状”，并将送皇上的疏文分送朝中各大臣，大造舆论，虚张声势，妄图将赵南星和云南的几位州府正派官吏一网打尽。
首辅申时行收到万历皇上转来的邸报之后，心中甚为诧异：看来，那邪派官吏也不是好对付的，这些人真他妈难缠！朝中正派官吏、“东林党”和邪派官吏的斗争很尖锐、激烈，自己一定要审慎从事。根据自己以往做法，既让皇上满意，又能平衡正派官吏和邪派官吏之间的关系，做到认真辅佐皇上，帮皇上把政务处理好，尽力使朝廷日常运行平稳。
申时行思之良久，不知如何处理此事。恰在这时，他想起古人“中庸”之道来。对，遇到难以解决的困难和问题，就采取“折衷”态度，各打三十大板。这样，到什么时候，自己都能进退自如，立于不败之地。
对，就这样办！
于是，他坐下来，草拟了对赵南星如何处理的疏文。他在疏文中说，赵南星在朝中供职期间，踏实肯干，殊为忠诚。被贬云南期间，毫无怨言，保持旺盛斗志，严刑峻法，处理积案，兴修水利，将那个小县治理得平安稳定，为当地发展农业生产做出了突出贡献，理应提拔重用。
詹仰庇、吴时来、黄洪宪等人在疏文对赵南星肆意攻击，无中生有，极为可恶。考虑到正、邪两派之间不可调和的争斗，宜令赵南星回家休养，暂避风头。待日后时机适合，再提拔晋升入朝，官复原职为宜。
为防止邪派官吏动手脚，申时行亲自将公文送到皇上手里。
万历皇帝看了申时行的处置，想了想也别无良策，于是朱笔一挥：“照准”。
赵南星接到朝廷圣旨，估计是奸臣们从中捣鬼，心中特别气愤。唉，这糊涂皇帝，“好好先生”首辅，长期下去，忠奸不分、赏罚不明，国家迟早得葬送在你们手里！此时的赵南星意识到，自己官职低微，根本掌握不了自己的命运。