后来又听说今年的京察虽说公平、公正，但对内阁官员王锡爵、赵志皋、张位等人开了刀，处分了他们的亲戚，便隐隐感到事情有点不妙。
近年来，自张居正死后，内阁官员频频换人，迄今无一得力者(实际上万历也不想选得力者，得力者难以掌控)，致使朝政日颓，八方掣肘，朝廷法令难以实行。
这届内阁刚刚组建，如果任着吏部的意搞改革，罢黜了王锡爵的亲信，就等于得罪了内阁，往后的事就更不好办了，弄不好，还会酿成一场可怕的内乱!必须尽快行动，扑灭这场即将燃起的烈火!若想保内阁，就只能忍痛割爱，伤害吏部了。
万历思虑再三，最后下了决心，批示道：“准奏，发三科六部议后执行。”
吏部尚书孙珑知道此事后，像挨了当头一棒，顿时头昏眼花。
他做梦也没有想到，皇上竟然这样昏庸，偏听偏信，袒护内阁，这样无情地打击、迫害主持京察官员!这样下去，哪个官员还敢主持京察?本来，为避嫌疑，他和南星在京察前早已商定：主持察典官员，一俟发现亲属中的官员有劣迹，立即撤职查办，以示公正无私，也省得让人家说三道四。
这样一来，他罢免了亲属吕胤昌，赵南星罢免了表哥王三余，为此，他几乎得罪了所有亲戚。
本想给百官做个榜样，以利于京察的进行，到头来却闹了个“出师未捷身先死”，不但亲戚和家人背后戳着脊梁骂，也同内阁官员们结了怨，连皇上老儿都得罪了。
自己被罢官、罚俸倒没什么，大不了这个官不当了。最遗憾的是害了赵南星几名小臣!真他妈猪八戒照镜子——里外不是人!孙珑毕竟年过六旬，上了几岁年纪，一时气火攻心，昏了过去。幸亏家人掐“人中”、按摩胸脯，忙活了好一阵，才算缓过一口气来。
静养了半天，精神恢复了一些。孙珑反复思量，决定上疏朝廷，说明事情真相，极力保护南星等小臣，如皇上不准，就辞职回乡。
孙珑在疏中写道：“虞淳熙安贫好学，不靠别人推荐而只靠才能做官；杨于廷平息河西走廊叛乱功绩卓着……我不忍黑白颠倒以功为罪。更有吏部考功郎中赵南星，勤谨自持，公正无私，被科道所赞许。上述官员，明知其无罪，如因科道官员弹劾而被罢免，这实在是昧着良心去蒙骗皇上，臣决不同意。”
写到此，本来就该结束，但孙珑心中的愤懑尚未消除，便又饱蘸笔墨，奔腾而下。既然早已逆了“龙鳞”，就再也毫无顾忌了。
孙珑激愤地写道：“内阁所列臣之过错，以专权为最严重。国之灾难，以大臣结党为甚。大权由君主掌握，大臣们执掌。吏部用人主管官吏升迁、降职、解职之事，请示陛下后执行，权力自有归属，臣自不能专权。若留一两名僚佐为专权，则世事无不为专权；若以留任二京官为结党，则世事无不为结党。吏部官员若以我为鉴，则世事混沌无序。愿皇上宏恩浩荡，早赐骸骨，回归故乡，珑不胜感激之至!”