谁知，皇上早形成了固定思维，没听他说几句，便将他训斥一通后拂袖而去。李世达见皇上如此任性自恃，忠奸不分，刚愎自用，心中十分失望。当天回到家便病倒在床。
内阁首辅王锡爵、次辅赵志皋、张位等人见皇上有意袒护内阁，更加有恃无恐，又找来几位御史、给事中等言官，联合上疏，恶意攻击孙珑，捏造了一串罪名，想把他逐出朝廷而后快。
万历皇帝见逐走了赵南星等人，如果留下了孙珑，日后耳根必然不会清静。于是，他索性大笔一挥，削去了孙珑的官职，限日启程回乡。
万历皇帝将南星等人贬谪回乡的谕旨下了之后，南星便想择日返乡。魏允贞、顾宪成、邹元标、高攀龙等人苦苦劝说，让他在京再住些时日，静观其变再做道理，南星勉强应允。
他整天闭门不出，研读经史。本来，他早就想多读点书，但由于吏部公务繁忙，再加上京察，更是百事缠身，难得抽空坐下来看会书。别人被罢了官，整天垂头丧气，萎靡不振。南星被罢了官，却仍然神态平静，心境平和，似禅心入定。
他认为，奸邪官吏居心险恶地搞阴谋诡计，而朝廷处事不公，不能扶正抑邪，那是皇上和内阁前过错，为什么要拿来折磨自己呢?
他坚定地相信，皇上会有一天认识到过错，及时纠正的。既然孙珑和他在京察中出于公心，没做下什么错事，就不怕时间和历史的考验，内心也没有什么自责。
引以自责的只有一点，那就是他过高估计了负责京察的一帮正直官员的力量，而忽视了内阁邪派官员的巨大能量，最终酿成失败。这是一次惨痛的教训。这将使正直的官员们铭记一生。
尽管正直官员们遭受打击，但他们并没有被吓倒、被征服，而是奋起反抗，不断上疏自卫。
时任“行人”（明代设行人司，复有行人官。主管传旨、册封、抚谕等职）之职的高攀龙看到奸佞小人趾高气扬，一派洋洋得意之状，而正直官吏屡遭灭顶之灾，遏止不住心中阵阵怒火。
既然门师赵南星等人悉数被遣，纵然自己在朝也是单枪匹马，无甚益处，不如豁出去冒死上疏。
回家后，他便写起来。他在疏文中写道：“大臣有孙珑、李世达、赵用贤被免职，小臣则有赵南星、陈泰来、顾允成、薛敷教、张纳陛、于孔兼、贾岩被斥退。近日又有李桢、曾乾亨申请离职，选司孟化鲤又被除名。
“朝廷内外议论纷纷，大家说分明是内阁大臣剪除异己，排斥正直官员。又说近侍太监不用正人君子，专门诱引皇上走邪路。若说被罢官的几个人曾触怒圣上，然未见哪个抗旨，为何被罢免?
“圣上有斥退官员之果断，而内阁及皇室亲信，却乘机施展嫉贤妒能之阴谋，使皇上威名受到玷污，望皇上详察。”