此时，遍布全国各地的矿监税使都相继同当地官吏发生了冲突。矿监税使们都由皇上直接任命的太监担任，他们觉得背靠大树，有恃无恐。
而地方官则大多抱着“为民请命”的心态，极力反对这些家伙糟害百姓。少数官吏因矿监税使们“抢占”了他们鱼肉百姓的地盘而冲突迭起。
那些在宫中俯首听命的太监们，走出京城就变成了恶虎，整天琢磨搜刮、敲诈百姓的坏主意。他们打着皇上的旗号，将大批的金银珠宝据为己有，交纳给皇室内库的，不足十分之二、三。他们挖掘古墓，搜摸金玉。偶遇良田美宅，就谎称地下藏有矿脉，或敲诈钱财，或乘机霸占。
广东税使李凤贪污5 1 .7万两税银。陕西矿监赵钦贪污白银10万两。山东矿监陈增的爪牙程守训，因虐害百姓过多，怕仇人报复，把贪污的珍宝和40多万两白银藏进深山秘洞……矿监税使及其爪牙把搜刮来的钱财恣意挥霍，朝歌夜舞，过着纸醉金迷、荒淫无耻的生活，百姓们对他们恨入骨髓。
各地官吏们纷纷向皇上上疏。检举、揭发矿监税使们的滔天罪行。大学士沈鲤指出：矿监税使们造成的后果是：“天下之势，如沸鼎同煎，无一片安乐之土，贫富尽倾，商农交困，流离迁徙，卖子抛妻，哭泣道途。萧条阡陌。”
山西巡抚魏允贞目睹矿监税使们的暴行，除极力抑制外，还怒不可遏地向万历皇帝写了疏文，历数张忠、孙朝的累累罪行，建议皇上将孙朝召回，严加惩办。
这篇疏文呈上之后，根本没有任何反响。其实，魏允贞哪里知道，全国各地的官吏们都送上了大量检举揭发税监的疏文，共有100多篇。万历皇帝有的草草看两眼，有的连看都不看，不发部院讨论。
而税监们写的告地方官歪状(备言阻挠开矿)的疏文，则一律发部院讨论，滥加罪名，惩戒措施马上就降了下来。据统计，仅万历2 5年(1 5 9 7年)至万历3 4年(1 6 06年)，矿监税使们进献内库黄金达1.2万多两，白银5 6 9万多两。此外，如金刚钻、珍珠、水晶、宝石、红青、人参、琥珀、貂皮等贵重物品不计其数。
万历皇帝接到孙朝纠劾魏允贞的疏文之后，刻不容缓，交部院讨论。风闻要对允贞严厉谴责后削职查办。
魏允贞昕到这个消息后五内俱焚，痛心疾首。他不明白，为了钱财，为了金银珠宝，万历皇帝竟昏庸到这种程度!啊，明世祖朱元璋创下的大明江山，难道要断送到这帮败家子手里不成!他气得几天吃不下饭，睡不着觉。他不甘心，抱着一线希望又写了一篇言辞更加激烈的疏文，二次呈上。
正当皇上要惩办魏允贞之际，吏部尚书李戴、都御史温纯同时上疏，历数魏允贞治理山西的赫赫政绩，建议将他的疏文发三科六部讨论，要严格查办孙朝，不应治魏巡抚的罪。
万历接到李戴、温纯的疏文之后，冷笑一声，连同魏允贞的疏文，悉数压下“留中”。
部院讨论之后，极力对魏允贞进行挽留。
魏允贞决定回乡，又接二连三地呈上辞职报告。
万历皇帝对此犹豫不决。
过了没有几日，山西军民数千人来到京城的吏部、都察院门前，示威请愿，要求魏允贞留任，将糟害、涂炭百姓的税监孙朝严加惩办。