她们进入方舟之后才知道方舟并不是一艘船。
方舟被称为00特区，它被制造出来的目的有两个一个是作为光环设施的制造工厂，以更换因各种原因造成损失的光环特区，第二个是作为物种保护的方舟，用来保护光环启动后物种的生存与发展。
行动小队和格里芬来到方舟后的运气不错，他们出现在了一个先行者研究站的附近，因为有疾风校准的帮助，他们很快就进入了这座研究站。
疾风校准通过先行者研究站的广播语言和众人取得了沟通，通过疾风校准斯巴达，A9小队以及格里芬了解了方舟的来源。
特别是当得知了光环是一个巨大的灭绝武器之后，无论是斯巴达还是A9小队都觉得必须要尽快解决真相先知。
回到地球，经过了两天的准备，UNSc和格里芬集合了一支精锐的联合舰队，准备进入方舟。但就在这个时候，UNSc的雷达侦测到了一艘星盟战舰进入了地球。
当提尔·瓦达米和士官长看到了战舰的样子之后，都发出了惊呼。这是洪魔的感染战舰。
就在地球战役趋于白热化，圣赫利人惩戒舰队则在尽全力维持对05环带和博爱之城的封锁。但被洪魔感染的罪责放纵号战舰却逃出了封锁并在真相先知进入传送门时抵达了地球。随后整艘战舰直接一头撞在了非洲地区
”快，命令附近的所有人后撤，同时让轰炸机对那里投放燃烧弹，有多少扔多少
士官长和神风烈士立即朝坠毁现场进发，准备超载引爆坠毁的巡洋舰的反应堆。爆炸将会摧毁这座城市但是同样也有机会能够阻止洪魔扩散。
就在这时
一支由舰船大师阿泰斯·瓦图姆及其座下的鬼影号突击航母率领的精英战斗群也紧随洪魔而来。阿泰斯·瓦图姆派出了精英士兵协助UNSc，而他们只有很少的时间，赶在沃城及其周边地区被玻璃化之前取回AI。
士官长在洪魔战舰内找到了一个包含有科塔娜的存储装置，他委托343罪恶火花修复它，随后乘坐魅影号撤回到了鬼影号航母上。
洪魔的到来打乱了所有人的部署，对于洪魔即使是林恩也知道它们的危险，所以现在摆在他们面前有两条路。