全副装备的斯巴达战士在后面的测试行动中取得不俗的成果，但这些在哈尔西看来，还不够，于是她开始研究能够让斯巴达战士更强大的东究，聪慧型辅助人工智能。
她将自己的大脑克隆出来，并且以自己的大脑为样本做出了人工智能科塔娜。
时值星盟与人类开战，二期斯巴达战士们在战场上大展风采，特别是以约翰117为首的斯巴达红队，他们在战场上神出鬼没，对星盟的指挥部门进行各种斩首行动。让星盟对于斯巴达战士都有一个统一的称呼“恶魔”
oNI对于斯巴达的成功十分满意，但是哈尔西却不这么认为，因为这些孩子虽说都是精挑细选，但是那个孩子的家长会让自己的孩子这么小就参加军事训练，还要经历一个不知道生死的强化手说。
所以这些孩子都是oNI用非常规方法“找来”的，他们会用一个克隆体小孩来替换掉目标，让孩子的家长看不出端倪。但是克隆体毕竟只是克隆体，他们的“保质期”有限，一般情况下，这些克隆体小孩子基本上会在六年内死亡，也就是说，这些斯巴达战士的家庭都会经历一次失去孩子的痛苦。
这是哈尔西心中过不去的一道坎，别看她嘴上不在乎，但是这件事情就像一把刀在哈尔西的内心中不时地来上一刀给她放放血。
而当她得知斯巴达三期战士居然在12岁开始就使用药剂进行强化更是脱口而出一句。
“你们真是······一群混蛋。”
因为三期战士在哈尔西看来就是詹姆斯·埃克森拿来报复星盟地工具。
斯巴达三期的改造流程被称为菊花项目，该项目与哈尔西博士的早期尝试有着一些不同。大约在候选人12岁时强化改造开始施行，在手术前的几个月，每个候选人都会接受激素和补剂，使他们的肌肉质量和力量得到提高。
改造手术在UNSc移动医疗舰希望号上进行，这其中包括：碳化陶瓷骨化催化剂，肌瘤肌肉蛋白复合物药物，视网膜反转稳定剂和改良胶质神经非一致化溶液。化学和手术中还包括有植入物和其他相对较小的生理学调整。
伽马连的改造引入了更激进的添加物。由于之前的连队的灾难性损失，科特不得不使用不合规的东西，包括（机翻）改变神经的非致癌诱变剂，环地西酮-4（双极性整合药物）和米索奥氮平。
科特希望这些药物能够让三期战士在遭受致命伤害时抑制全身休克的影响，在他们战死前让他们爆发出更强的攻击性和专注度。该诱变剂平时被其他药物抑制，而伽马连成员也需定期注射相关药物来稳定诱变剂的永久影像，两种抑制剂的混合物被伽马连的斯巴达们称为平滑剂（smoother）。
可以说，如果三期战士活着熬到退休，那等待他的将会是无尽的痛苦，他需要终生在药物的陪伴下直到死亡。