斯巴达蓝队对于科塔娜成为一个人形并没有出现不满或者抵触之类的情绪，甚至还很欢迎，这主要是因为二期战士之间的感情很好，他们从六岁开始一起生活，一起训练，在到后来一起进入战场，可以说二期斯巴达战士们视彼此为家人。
二来，科塔娜虽然变成了他们认识中的仿生人，但这对于见多识广的斯巴达来说一点问题也没有，oNI内部有多少见不得人的技术就不说了，即使UNSc也有很多东西是在被禁止的情况下继续研究的。
第三就是科塔娜通过一系列测试之后以惊人的性能让所有斯巴达二期战士认可了这个超级AI。
根据凯莉和琳达的说法，抛去雷神锤装甲不谈，如果在没有装甲的情况下，可能她们在一对一和科塔娜对战的话，很可能不是科塔娜的对手。
所以对于自己的队伍中多了一个战斗力，斯巴达战士也是欢迎的。更何况这个战斗力不需要和他们磨合，甚至可以说合作的十分融洽。
完成了科塔娜的心愿，士官长他们也要离开了，在底层船坞内，林恩站在鹈鹕号旁看着士官长于科塔娜两个人，笑着伸出手。
“谢谢。”士官长的手握在林恩的手上。
“别客气，帮你是我也是有点私心的，毕竟叶梅利亚也有不少的收获。”
士官长点点头，他清楚这是林恩客气的话。如果可以的话，他会在力所能及的时候提供帮助，当然这种话不能直接说出来。
于士官长和斯巴达蓝队告别，看着他们驾驶着鹈鹕号离开星港，林恩也就回到自己的办公室继续处理着自己的工作，想到自己现在已经改变了士官长的情况，那么无尽号出航的时候可能就会带着他一起了。那么是不是后面的人工智能叛乱也就不会再发生了。
时间洪流滚滚向前，林恩每天处理着各项工作的同时也在关注着宇宙各个世界发生的事情，根据情报，朱尔·穆达玛从oNI的监狱中越狱离开。
安洁莉娅安排的各种眼线组成的情报网，朱尔·穆达玛在离开后的种种事情也摆在了林恩的面前，林恩看了之后也不由得感叹一句，这是妥妥得前期主角剧本。
被俘虏后，他被关押在oNI巡游舰斯坦利港号上，在此期间接受了伊万·菲利普教授和AI黑盒的审问。随后，他被转移到oNI研究设施，在伊蕾娜·玛格纳森博士的监督下监禁。
在监禁期间，他一直在策划越狱。虽然他不再对先行者抱有信仰，但他仍在UNSc的眼皮底下假装虔诚的信徒，他以访问先行者遗迹这种看似正当的理由，逐渐了解了他所在的位置，和先行者遗迹的一些内容。
在此期间，他食用了UNSc提供的本地种植的桑赫利奥斯作物，而这实际上是UNSc针对桑赫利设计的生物实验，朱尔因此备受煎熬。
他与看管自己的哈拉克人长于漂游进行了多次深入交流，得知了宣教士的存在，以及他是如何被封印在盾世界安魂星中。在这段时间里，他也得知了oNI根除桑赫利的计划。
后来，菲利普教授来到奥星探望了他，他向菲利普询问了关于妻子的消息，后者表示瑞雅最后是跟弗齐在一起。菲利普向他保证，一定会查出他妻子的下落。