将领们将要退出，耿纯进谏说：“天下的士大夫舍弃亲属，背井离乡，在弹雨之中跟随大王，他们一心向往的，本是攀龙附凤，以成就志向。现在您拖延时间，违背众意，不确定尊号，我恐怕士大夫会失去希望，无计可施，从而产生退归故里的想法，不会长期忍耐下去。众人一散，就很难再聚合到一处了。”耿纯的话非常诚恳殷切，刘秀十分感谢，说：“我将予以考虑。”
刘秀的军队走到鄗县，刘秀召见冯异打听各方军情。冯异说：“更始必败，忧虑宗庙的大任在您身上，您应当听从大家的建议。”这时，恰好儒生强华从关中拿着《赤伏符》来晋见刘秀，符上说：“刘秀发兵惩奸贼，四方云集龙斗野，四七二八汉当立。”群臣因此再次奏请。六月，己未（二十二日），刘秀在县之南即皇帝位，改年号，大赦天下。
邓禹率军包围安邑，经过几个月也未能攻下。更始大将军樊参率领数万人从大阳渡河，准备攻打邓禹。邓禹在解县南迎击，斩杀樊参。王匡、成丹、刘均纠集十余万军队，再次一起攻打邓禹，邓禹军交战失利。
第二天，癸亥（二十六日），王匡等因为当天是六十甲子记日的最后一天，所以闭门不出。而邓禹因此得以整顿部署军队。甲子（二十七日），王匡等全军出击攻打邓禹，邓禹下令军队不得轻举妄动，等到王匡军逼进营垒后，才传令各将领，击鼓并进，大破敌军。王匡等全都逃跑，邓禹追击，斩杀了刘均以及河东太守杨宝，于是平定河东。王匡等逃回长安。
张卬同将领们商议：“赤眉军早晚就会到达，我们不久就会被消灭。不如抢掠长安，向东逃回南阳。事情如果办不成，我们再到江湖中，重新做强盗！”于是一同晋见，说服刘玄。刘玄愤怒而不发一言，没有人敢再说话。刘玄命王匡、陈牧、成丹、赵萌驻屯新丰，命宰相李松屯兵城，以抗拒赤眉军。
张、廖湛、胡殷、申屠建与隗嚣合谋，准备借立秋这一天杀牲祭宗庙的时候，共同劫持刘玄，实现先前的计划。刘玄得知后，称病不出门。他召张等进宫，准备全都斩首。当时只有隗嚣自称有病没有进宫，召集他的宾客王遵、周宗等率军士自守。刘玄犹疑不决。张、廖湛、胡殷怀疑有变化，于是冲出宫去。
只有申屠建还留在宫中，刘玄斩杀了申屠建，命执金吾邓晔领兵包围隗嚣的宅第。张、廖湛、胡殷率兵烧毁宫门，杀入宫中，刘玄大败。隗嚣也突破包围，逃回天水。第二天早晨，刘玄出皇宫向东投奔在新丰屯兵的赵萌。刘玄又怀疑王匡、陈牧、成丹和张等是同谋，于是一块儿召见他们。陈牧、成丹先到，立刻被斩首。王匡恐惧，率军进入长安，与张卬等人会合。
赤眉军进抵华阴，随军有一位齐地的巫师，常常击鼓舞蹈，祭祀城阳景王刘章。巫师口出狂言：“景王大怒说：‘应当做天子，为什么当盗贼！’”凡是嘲笑巫师的人，都患了病，为此全军震惊。方望的弟弟方阳劝说樊崇等人：“现在将军拥有百万大军，向西面对帝王都城，却没有称号，被人称作盗贼，不可能长期维持下去。
不如拥立一位刘氏宗室，挟天子的名义诛杀讨伐，以此号令天下，谁敢不服从！”樊崇等认为说得很对，而巫师的狂言也越来越厉害。向前进军抵达郑县，于是共同商议说：“现在已经逼近长安，而鬼神的旨意是这样，应该寻求一位刘氏宗室，共同尊他为皇帝。”
早先，赤眉军经过式县，劫持故式侯刘萌的儿子刘恭、刘茂、刘盆子，让三人随军。刘恭幼时学习《尚书》，后来跟从樊崇等在洛阳投降更始皇帝刘玄，重新封为式侯，担任侍中，后到长安。刘茂和刘盆子留在军中，归右校卒史刘侠卿管辖，负责放牛。等到樊崇等想要拥立皇帝时，在军中寻找景王刘章的后代，找到七十余人，其中只有刘茂、刘盆子以及前西安侯刘孝血统最为亲近。
樊崇等人说：“听说古时候，天子亲自领兵，称为上将军。”于是用一片木简做符，上写“上将军”三个字，又把两片未写字的木简也放在竹筒中。在郑县北面修筑坛场，祭祀城阳景王刘章，各位三老、从事全都聚会于此。请刘盆子等三人居台中排列站立，按照长幼顺序抽签。刘盆子年纪最小，最后抽，抽中了符。
将领们全都向刘盆子称臣叩拜。刘盆子当时十五岁，披散着头发，光着双脚，穿着破衣服，紫涨着脸，浑身冒汗。他看见众将跪拜，惊恐得要哭出来。刘茂对他说：“把你的符藏好！”刘盆子却立即把木简放到口中咬断，扔掉。他任命徐宣为丞相，樊崇为御史大夫，逢安为左大司马，谢禄为右大司马，其余的全被任命为卿、将军。
刘盆子虽被立为皇帝，但每天早晚还要叩拜刘侠卿。他时常想到外面去和牧童们嬉戏，刘侠卿愤怒地制止他。樊崇等人也不再来问候探视。秋季，七月辛未（初五），汉光武帝刘秀派使者持符节任命邓禹当大司徒，封为侯，食邑一万户。
当时邓禹二十四岁。又商议选任大司空，刘秀凭《赤伏符》上说的“王梁主卫作玄武”，丁丑（十一日），任命野王县令王梁为大司空。刘秀又打算按照谶文中的话任命平狄将军孙咸代理大司马，对此大家都不高兴。壬午（十六日），任命吴汉为大司马。起初，刘玄以琅邪人伏湛为平原郡太守。当时各地起兵，只有伏湛安抚百姓，安然不动。
门下督为伏湛策划起兵的事，伏湛将他逮捕处斩。因此官民信赖向往伏湛，整个平原境内仗着伏湛而保全下来。刘秀征召伏湛当尚书，让他负责整理旧有的典章制度。又因邓禹率军西征，任命伏湛当司直，代理大司徒职务。刘秀每次外出亲征，往往留伏湛镇守。
邓禹从汾阴渡过黄河，进入夏阳。更始朝左辅都尉公乘歙率领部众十万人和左冯翊的军队在衙县共同抗拒邓禹。邓禹再次打败敌人，公乘歙等逃走。
刘氏宗室刘茂在京县和密县聚集兵众，自称厌新将军，攻下颖川、汝南，部众达十余万人。刘秀派骠骑大将军景丹、建威大将军耿、强弩将军陈俊攻打刘茂。刘茂前来投降，刘秀封他为中山王。