刁子都被他的部曲杀害，余党和其他贼寇在檀乡汇集，被称做檀乡贼。攻掠魏郡、清河。魏郡大吏李熊的弟弟李陆阴谋叛变，迎接檀乡贼进城。有人把李陆的阴谋报告魏郡太守颍川人铫期。铫期召见李熊质问，李熊磕头承认，表示愿意和老母亲一起赴死。
铫期说：“做官如果不像做贼那样快乐，可以和老母亲一块儿去投奔李陆！”铫期派官吏把李熊母子送出城。李熊出城，找到李陆，带他到郡治邺城的西门，李陆不胜惭愧，自杀身亡，以向铫期谢罪。铫期叹息，按照礼节安葬李陆，恢复了李熊原来的官职。
于是，魏郡的人都敬服铫期的威望。刘秀派遣吴汉率领王梁等九位将军，在邺城东面的漳水河畔攻击檀乡贼，大败贼兵，十余万人全部投降。刘秀又派王梁和大将军杜茂率领军队安抚魏郡、清河、东郡，扫平各个自保的营寨保垒，使这三郡平安清静，边疆的道路畅通无阻。
正月庚辰（十七日），刘秀把所有的功臣都封为侯爵。梁侯邓禹、广平侯吴汉都亭有四个县的封地。博士丁恭发表意见，说：“古时候，分封诸侯不过百里。树干强壮，树枝弱小，以此来把国家治理好。现在封四个县，不合法制。”刘秀说：“古时候的亡国全是因为无道，从来没有听说过因功臣封地多而亡国的。”阴乡侯阴识，是贵人阴丽华的哥哥，因为战功应当增加封地。阴识磕头辞谢说：“天下刚刚安定，有战功的将帅很多，我作为后宫的亲属，仍然要增加封地，就无法面对天下。
这是因为皇亲国戚受到封赏，全国百姓都评价他的功绩。”刘秀表示接受。刘秀让将领们各自说出所愿封的地方，众人全都指出富庶的县分。河南太守颍川人丁只请求分封自己的故乡。有人问他原因，丁说：“我的能力小，功劳又少，能够封乡亭侯就很优厚了！”刘秀听从他的意愿，封他为新安乡侯。
刘秀命郎中魏郡人冯勤主持分封诸侯事宜。冯勤估量每个人功劳的大小，分封国土的远近，土地的肥沃贫瘠，使谁也不超越谁，没有不满足不服气的。刘秀认为冯勤有才干，将尚书众事都交给他负责。以前的做法是，尚书郎的位置由尚书令史按年资依次递补，刘秀开始用孝廉当尚书郎。
刘秀在都城洛阳建立高庙。每年春夏秋冬四季，联合祭祀汉高祖刘邦、汉文帝刘恒、汉武帝刘彻。在宗庙的右边建起祭祀土神和谷神的社稷坛。在洛阳城南建立祭祀天地等众神的神坛。
长安城中粮食耗尽，赤眉将领们把搜来的金银财宝装上车，大举纵火焚烧宫室、街巷民宅，恣意烧杀掳掠，长安城中再也看不见行人。赤眉于是领兵向西，号称百万大军。从南山起，对所经过的城邑进行抢掠。随后进入安定、北地。邓禹率领军队向南到达长安，驻屯昆明池，拜谒祭祀高庙，收集西汉十一位皇帝的神位，送往洛阳。同时巡行陵园，安排官兵事奉守护。
真定王刘杨制造谶文说：“赤九之后，瘿杨为主。”刘杨脖子上生有赘瘤，想以此惑乱民众，并同绵曼县的盗寇互相勾结。刘秀派遣骑都尉陈副、游击将军邓隆去召刘杨，刘杨紧闭城门不让他们入内。
刘秀又派遣前将军耿纯持符节巡视幽州、冀州，沿途慰劳各处的王侯，并密令他逮捕刘杨。耿纯到达真定，住在驿站，邀请刘杨见面。耿纯的母亲是刘杨本家，所以刘杨不怀疑他。而且又仗着自己人多势众。而耿纯神情安祥，刘杨就带着随从官属前去见耿纯。刘杨的兄弟们全都带领轻装的士兵守在门外。
刘杨走进耿纯的住所，拜见耿纯，耿纯以礼敬的态度迎接，乘机邀请刘杨的兄弟们全都进屋。于是关闭房门，把他们全部诛杀，然后率领军队离开。整个真定都处于震撼和恐怖之中，没有人敢有所举动。刘秀怜悯刘杨谋反还没有行动就被诛杀，又封他的儿子刘德继任真定王。
二月己酉（十六日），刘秀前往武。
鲍永、冯衍确实了解到刘玄已死，于是发布文告追悼，放出储大伯等，封存好印信绶带，遣散所有的部众，用头巾包头到河内归降。刘秀召见鲍永，问：“你的部队在什么地方？”鲍永离开座位磕头说：“我效忠刘玄，却不能保全他。靠他的部众企望富贵，使我感到惭愧，所以全都把他们遣散了。”刘秀说：“你的话格调很高。”