冬季，十月丙午（二十二日），刘秀前往怀城。十一月乙丑（十二日），刘秀返回洛阳。
杨广去世，隗嚣处于穷途末路。他的大将王捷另外在戎丘城驻扎，王捷登上城楼向汉军高喊：“替大王隗器守城的人，全都必死，但没有二心。请你们赶快停止进攻，我用自杀来表明我们的决心。”于是自刎而死。
当初，刘秀对吴汉下令说：“各郡来的士兵只坐着消耗粮食，如果有人逃亡，就会动摇军心，应当全部遗散。”吴汉等贪图用众多的军队围攻隗嚣，因而未能遣散。
粮食日渐减少，官兵疲惫，逃跑的人很多。岑彭堵住谷水，把水灌进西城，水位离城头还有一丈多。这时，王元、行巡、周宗率领公孙述派的救兵五千余人，从高处突然到来，擂起战鼓大声呼喊：“百万大军来了！”东汉军队大惊失色，没有来得及布阵。
王元等突破包围，殊死战斗，于是得以进入西城，接隗嚣回到冀县。吴汉的军队粮食吃尽，就烧掉辎重装备，领兵下陇山。盖延、耿弇也相继撤退。隗嚣出兵尾随攻打各部队。岑彭率军断后，将领们才得以全军东归。只有祭遵驻屯汧县没有撒退。吴汉等又驻屯长安，岑彭回到津乡。
于是安定、北地、天水、陇西又反被隗嚣占领。校尉太原人温序被隗嚣的将领苟宇俘获，苟宇再三再四地劝说温序投降。温序大怒，呵斥苟宇等说：“你们这些匪徒怎么敢胁迫汉将！”然后用手中符节击杀数人。
苟宇的左右争着要杀温序。苟宇制止说：“这是一位义士，以死来保全名节。可以赐他宝剑。”温序接受宝剑，把胡须衔到嘴里，对左右说：“既然被贼寇所杀，不要让胡须被土玷污。”于是用剑自杀。从事王忠把他的尸首送回洛阳，刘秀下诏赐给他墓地，任命他的三个儿子为郎。
十二月，高句丽王派使者朝贡，刘秀恢复了他的王号。
这一年，发生水灾。
九年（癸巳，公元33年）
春季，正月，颍阳成侯祭遵在军中去世。刘秀下诏，命冯异接管他的军队。祭遵为人廉洁、节俭，小心谨慎，克己奉公，所得赏赐全都分给士卒。他的军队纪律严明，所到之处，地方官民不知有大军屯驻取用人才，全以儒家的思想方法为准则，在酒席宴上设乐，定用儒家喜爱的雅歌，并有古老的投壶游戏。临终时，祭遵嘱咐薄葬。
当人问起家里的事情，他始终不说话。刘秀对祭遵去世异常哀痛。祭遵的棺木运到河南，刘秀穿着丧服亲临吊丧，望着棺木痛哭。回宫时，经过城门，看灵车经过，泪流满面不能克制。举行丧礼之后，又亲自用牛、羊猪各一祭奠。下诏令大长秋、谒者、河南尹共同主持丧事，由大司农负担费用。
到下葬时，刘秀又亲到现场。下葬以后，又到墓前致哀，慰问祭遵夫人和全家。以后在朝会时，刘秀往往叹息说：“我怎能得到像祭遵这样爱国奉公的人啊！”卫尉铫期说：“陛下极其仁爱，哀悼祭遵不已，使群臣各自感到惭愧惶恐。”刘秀才停止念叨。
隗器患病，又赶上饥荒，只能吃到黄豆干饭，愤恨而死。王元、周宗拥立隗嚣的幼子隗纯为王，统兵据守冀县。公孙述派遗将领赵匡、田弇协助隗纯。刘秀派遣冯异攻击。
公孙述派遣翼江王田戎、大司徒任满南郡太守程泛率领数万人下江关，击败东汉将领冯骏等的军队，于是攻陷巫县和夷道夷陵，随后占据荆门山、虎牙山。在长江上架起浮桥，建筑关楼。把木柱集中在一起，竖立在江中阻断水道，跨山连接营垒堵塞陆路以抗拒汉军。
夏季，六月丙戌（初六），刘秀到缑氏县，登上报辕山。
吴汉率领王常等四位将军统领五万余人，在高柳县攻打卢芳部将贾览、闵堪。匈奴派兵救援，东汉军队不能取胜。于是匈奴气势变得强盛，烧杀掳掠日益严重。刘秀命朱祜驻屯常山郡、王常驻屯涿郡、破奸将军侯进驻屯渔阳郡，任命讨虏将军王霸当上谷郡太守，以防备匈奴。
刘秀命来歙统帅驻屯长安的所有将领，太中大夫马援的副手。来歙上书说：“公孙述把陇西、天水作为屏障，所以能够苟延残喘。现在这两郡如能平定，公孙述就无计可施了。我们应当增派兵马，储备粮草。
现在西州刚刚破败，军民疲劳饥饿，如果用金钱粮食招引他们，那么当地军民就能够集结起来。我知道国家所要供给的不止一支军队，经费不足，然而这样做也是不得已！”刘秀表示赞同。于是下诏，在汧县储备六万斛粮食。秋季，八月，来歙率领冯异等五位将军在天水讨伐隗纯。
骠骑将军杜茂同贾览在繁畤县交战，杜茂的军队失败。