随后，士迪佛立率军突围，为了避免太平军追击，下令焚烧嘉定。这才逃回上海。
占领嘉定后，李秀成马不停蹄，将常胜军副统领法尔思德围住在青浦。华尔率部焚烧青浦，逃回松江。李秀成督军一路穷追猛打，生擒法尔思德。
攻克青浦之后，李秀成一路向泗泾、太仓、松江扫荡，攻破敌营一百三十多座，将华尔围于松江城内，外国侵略军从上海来救，依然被李秀成打败。
五月初八，李秀成率忠殿军，用大炮轰开松江城门，占领松江。活捉华尔，全歼常胜军。
然而正当忠殿军在上海节节胜利时，曾国荃部湘军水陆并进，直犯天京，封锁了秦淮河进入长江的通道。令洪秀全十分恐慌，一日之内连下三道诏旨，令李秀成立刻撤兵回救天京。
此时湘军虽在围攻天京，但只有三万多人，根本无力围城。而且天京周围的据点都在太平军手中，天京城内有很多粮食，只要稳守不战，湘军除了强攻，并没好方法。
可能是安逸惯了，天王依然不断催促李秀成回天京救驾。不过，令人奇怪的是，他竟然没有向毫无战事的吴天佑下令救驾，令人费解。
但洪秀全一方面封李秀成为护国军师（太平天国的军师地位高过王爵），另一方面直接下诏给皖南、皖北的各地隶属忠殿的太平军将领，命他们星夜兼程往南京赶。
五月中，李秀成被迫从松江撤军，返回苏州。商讨回兵救援的方案。
李秀成在苏州召开军事会议，与诸将详细研究当前形势：湘军从上而下，有水师的便利，以逸待劳，正面交战难以抗衡。应将苏福省的米粮军火等物资多多运回天京，作长期守御的准备。等过了两年，等敌人久攻不下，士气低迷的时后再与之决战。
李秀成的这个策略其实就是上次吴天佑在天京讨论时的翻版，这个道理洪秀全何尝不懂，只是整天担心受怕的日子，他一天都不想过。他需要一个有能力保证自己安稳睡觉的人来守护天京。
在遭到洪秀全的严斥后。六月，李秀成再次在苏州召集包括杨辅清、李世贤和天京直属各路大员在内的军事会议，计划调集军队回救天京。
此时，洪秀全采又开始采取强本弱枝政策，让李秀成指挥发生困难。为强调团结一致，消除天王对他的猜疑，就把苏福省政权全部交给各将，连母亲和家眷也从苏州送回天京，交给洪秀全为信。
八月中，李秀成率军从苏州出发，兵分两路，准备攻打湘军控制的雨花台。九月初三总攻开始，忠殿军在长达五、六十里战线上发起攻击，开掘地道，炸毁湘军围墙，太平军冲入湘军阵地展开肉搏战。
双方鏖战四十四天，迫使湘军减员三分之一，曾国荃本人负伤。但这时正好赶上江南瘟疫，双方陷入僵持。
然而，湘军有水师运输弹药物资，打多久都没问题。而太平军不同，粮食弹药补给都须陆运，运输较为困难。各军从八月出发，未带寒衣，十月天冷，猛攻了四十多天，各路军不得不撤退。
见李秀成久攻雨花台不下，洪秀全一气之下，下令革去李秀成忠王王爵。仍留原任指挥战斗，戴罪立功。
既然无法攻破雨花台，李秀成只能改变打法。从长江北岸进攻上游湘军的后方，迫敌人不得不调南岸的军队去救北岸，调下游的军队去救上游。
十月，大军昼夜赶渡，冲过江浦、浦口。随后接连攻克含山、巢县、和州。天京局面得到一定缓和。
而就在此时，驻守常熟的忠殿军将领骆国忠叛变投敌，李秀成闻讯，急忙赶回苏州平乱。