“长兄，这次请你开的情况是这样的。”
吴天佑从炮击英舰开始简单介绍了当前情况，并谈了计划派遣刘玱琳率领左五军第九师、第十师攻占台湾的事。
“长兄，这次刘玱琳出兵攻占台湾，我军其他的军事行动都需暂缓。所以，攻击嘉应州的计划得向后延迟，暂时就不考虑了。”
听了吴天佑的长篇大论，吴天佐知道，当前情况下，这样安排是比较适当的。只是，弄不清弟弟的公心还是私心作祟，亦还是吴天佑这招是公私兼顾的妙招。突然从自己手中划走两个师，还是心里有点怪怪的。
不过不管心里怎么想，他还是执行了吴天佑的命令。
吴天佐其实没猜错，吴天佑这手确实是假公济私、公私兼顾的。他不想任何自己的部下拥有太过强大的军力。吴天佑虽然说会补给左五军两个师，但那是1年左右才能补。
那时，他把特战师、近卫师都扩编完成后，就算吴天佐手握五六万兵力他也不担心了。
1863年6月，吴天佑任命的台湾总督、第七集团师司令刘玱琳从福州突然发兵，乘坐大批民船杀向台湾岛，此次随刘玱琳出征的仅有第十师。
在各方还没反应过来时，刘玱琳就已经从淡水（今新竹）附近登上台岛，并迅速占领了淡水。随后，民船返航，继续运送第九师以及大批军用物资。
由于卜鲁斯仍然犹豫不决，等待英国内阁的指示。所以，英法列强没有对扬威军的这次行动做任何干涉。眼睁睁看着刘玱琳带领扬威军第七集团师南征北伐，直至占领整个台岛。
刘玱琳以第十师的两个旅，首先沿官道北上，扫荡了南嵌、南雅、新庄、鸡笼等地，然后从鸡笼南下占领葛玛兰（今宜兰）。
第九师到达淡水后，休整数日。刘玱琳就留下警卫旅及炮兵旅守城，亲率第九师以及第十师三个旅，一路南下，先后攻占后陇、白沙墩、大甲溪、大肚。
由于清廷在台湾并没有重兵防御，扬威军只受到轻微抵抗，便纷纷投降。8月，攻占彰化。9月，占领嘉义。10月占领台湾府城。
随后，刘玱琳开始整编俘虏，并征召台湾民众参军。以第九师、第十师将士为骨干，组建了第一、第二、第三保安师。这是吴天佑给予他这个台湾总督的特权，是扬威军辖区内，唯一一个可以自主招兵、军政独揽的特殊安排。目的就一个，守住台湾，守住鸡笼煤矿。
等这些处理好后，刘玱琳留第九师镇守台湾府、第一保安师守嘉义、第二保安师守彰化、第十师守鸡笼，刘玱琳则带领第三保安师、警卫旅、炮兵旅等镇守淡水。
这段时间，从福州还运来了不少补给，其中包括一个可以生产步枪子弹和手榴弹的弹药厂，一个水泥厂，一个机械维修厂。