天王洪秀全的逝世，对在外作战的太平天国部队造成很大的冲击。幼天王洪天贵福基本是他们看着长大了，他是什么性格、有什么能力大家是一清二楚。这么一位领头羊能带领大家干嘛？许多人对太平天国的前途愈发悲观起来。
因此，不少投机分子纷纷寻找后路。
满清官府看准时机，开始向各路太平军伸出橄榄枝，封官许愿。导致大批意志不坚定的太平军将领纷纷易帜投降。外围太平军渐渐只剩下四股实力较大的太平军。
以遵王赖文光和梁王张宗禹等为首，活动在中原一带的捻军；
以扶王陈得才、启王梁成富、祜王蓝成春为首，活动在西北一带的“西北太平军”；
以侍王李世贤为首，活动在湖北、河南、陕西交界地带活动的“鄂北太平军”；
以辅王杨辅清为首，活动在湖南、广东、广西一带的“湘南太平军”。
清廷大批招降太平军，使得湘军及淮军的实力大涨。湘军总兵力已经突破15万，淮军也已经突破10万大军。
而此时的太平天国中枢，因为新主继位，内部权力格局尚未定型，除了内斗外根本无暇顾及其他。吴天佑的扬威军也由于粮草不足，也无法展开大规模军事行动。
清廷慈禧太后考虑到清军和太平天国暂时以长江为界对峙，谁也奈何不了谁。于是命令湘军、淮军、苗沛霖的苗家军以及曾格林沁的蒙古马队，齐聚中原，围剿以太平军遵王赖文光和梁王张宗禹等为首的捻军。以期肃清内部威胁。
历史上在1863年因再度反清而死的苗沛霖，也因为清廷攻击天京失败，没时间处理他，所以此时还在寿州一带活的好好的。
但接到命令的苗沛霖意识到，清军这次命自己参与围剿捻军，不仅要把自己调离寿州，而且是要让自己的苗家军和捻军拼消耗。他本来就因反复无常得不到清廷的信任，如果这次围剿把手中的苗家军打得七七八八，就不知道是在剿谁了。
于是，苗沛霖以僧格林沁杀降捻姜台陵为由再度反清，并派人联系太平军合击清军。不过，他没敢找赖文光、也不敢找李秀成，而是派人联系吴天佑的扬威军。
使者路遇奉命攻打和州的扬威军，谁知第八集团师司令黄文金是嫉恶如仇，连请示都没有，直接就把苗沛霖的信使给杀了。
苗沛霖见到扬威军都不理自己，便知道太平天国这条路是走不通了。于是再度向清廷请降。不过，这次曾国藩也不搭理他，让湘军直接进攻。
苗沛霖虽然有数万苗家军，但主要装备是以刀枪为主的冷兵器，如何与武装到牙齿的湘军对战。不久，驻守蚌埠的苗沛霖部将张士端献城投降，湘军唐训方部攻克怀远，苗沛霖弟苗希年、侄苗长春被杀。
同时，僧格林沁督傅振邦、陈国瑞、王万清诸军挥师向南，与李世忠部合围凤台（寿州），激战数日后，攻占凤台。苗沛霖、及其妻徐氏、儿子苗连生被杀，苗家军余部纷纷向清军投降。在寿州纵横十多年的苗沛霖集团至此灰飞烟灭。
清军各部继续北上，围剿捻军。