崇祯十三年正月二十日。
元宵过去没几日时间，督师杨嗣昌鉴于剿贼局势的糜烂，且熊文灿已被逮捕入京下狱，他当即决定不再等待各路兵马的齐聚，立即挥兵进剿流贼。
而张献忠、白贵、常国安等人在获悉杨嗣昌将亲自督师进剿后，预感形势必然不利于义军，当即就把义军兵马带入深山之中。
待杨嗣昌领军追剿时，张献忠等流贼已经由湖广郧阳府西进，转入了陕西与四川的交接之地，而后又逃窜进四川。
杨嗣昌无奈，只得传檄各路兵马，包围流贼的逃窜之路。
他命陕西三边总督郑崇俭，率领总兵贺人龙、副总兵李国奇的军队从汉中西乡入川追剿；又命左良玉率主力驻防陕西兴安与平利，防止流贼从四川进入陕西。
另外，杨嗣昌又派偏师三千人入蜀，追剿流贼。
对于杨嗣昌这样的部署，左良玉坚决反对，并建言道：“若是以偏师三千人入蜀追剿，简直就是羊入虎口。不仅没有起到追剿流贼的效果，而且流贼逃窜的方向必然会一直向西。一旦流贼进入成都平原，那局势必然更加难以控制。”
可是，对于左良玉的建言，杨嗣昌根本没有采纳，只是不停的催促着左良玉进兵。
为了不想重蹈罗睺山之败，左良玉拒绝执行杨嗣昌的命令。
他带着主力兵马由鱼渡溪进入四川，于二月一日与郑崇俭所率的兵马汇集。
杨嗣昌对左良玉违抗自己的命令很是不满，当即上书崇祯皇帝，把左良玉的建言与自己的部署上奏给崇祯皇帝，请由崇祯皇帝裁断。
并且，杨嗣昌在奏折上言：麾下将官不听调度，实乃无视皇权，若是进剿失败，当与他无关。
在这个进剿流贼的紧要关头，崇祯皇帝为了避免多生事端，当即下诏安慰了杨嗣昌，并告诫左良玉，若是兵败流贼之手，当军法从事。
二月初七日。
左良玉与郑崇俭领兵追上了张献忠等流贼大军，双方在太平玛瑙山遭遇。
流贼突遭官军，根本没有丝毫的准备，当即向着玛瑙山山顶逃去，准备迎敌。
左良玉虽然立功心切，但却也没有失了头脑。在仔细的查看了地形险易后，他下令由自己所领官军担任中路和右路进攻方向，郑崇俭所领官军担任左路进攻方向。
双方以击鼓为号，同时对玛瑙山的流贼发起进攻。
流贼虽然人多势众，但却都是一群乌合之众，没有多强的战斗力。
在经过一番激烈的厮杀后，终因实力悬殊，被官军攻上了山顶，张献忠等老营流贼也损失惨重。
此次大败，张献忠等老营流贼伤亡三千多人，其所用的镌有‘天赐飞刀’字样的大刀，刻有‘西营八大王承天澄清川岳’字样的虎符、镂金龙棍、令旗、令箭、卜卦所用的金钱，及妻妾敖氏、高氏等七口都被官军俘获。
其中，十反王杨友贤投降官军，张献忠的军师潘独鳌躲在树林中也被官军搜出。
初战流贼大捷，左良玉快马急报杨嗣昌。
收到捷报的杨嗣昌当即大喜，并命左良玉将俘获的敖氏、高氏等人全部押解到襄阳。
随后，杨嗣昌捷报崇祯皇帝。
二月十六日，崇祯皇帝收到杨嗣昌的捷报后，欣喜异常，除了赏赐金银等物外，还命兵部尚书陈新甲制订将领立功赏格，并催促杨嗣昌乘胜追击。
得到赏赐后的杨嗣昌干劲十足，亲领官军追剿流贼。