有母体世界的模型，还有母体世界的算法，陈长生很轻松的就在这个空白的世界里添加了一个母体世界无异的都市模板。
只是这个虚拟世界没有真正的人类，少了拥有自己想法的人，就少了很多的生气，比起母体世界，这里虽然与母体世界一样，但更容易被察觉出来是虚拟的世界……
在陈长生熟悉着这里的运行规律的时候，现实世界也是有了大变化。架构师说的一点都没错，当陈长生踏入源头的第一时间，机械帝国就展开了对锡安的攻击。
在母体世界时，墨菲斯前往参加的锡安会议就是为了商议这件事情。不过因为陈长生当时与流亡程序一块脱离了母体世界，导致创世纪号上的人根本就联系不到陈长生。
要不是现实中陈长生维生装置上依旧显示着生命状态正常，估计墨菲斯都以为陈长生死了。
这种舰长不在的情况之下，墨菲斯作为副舰长自然是当仁不让的承担起了舰长的职责。
不过此时陈长生的意识仍旧链接在虚拟世界之中，贸然切断链接只能会导致陈长生的死亡。作为救世主的陈长生，又怎么能够死亡呢，因此因此墨菲斯也只能是呆在能链接机械帝国网络的地方游弋。
这就相当于违背来自于锡安的命令了，毕竟锡安传来的命令可是所有悬浮船回到锡安听候命令来着。
现实世界中的创世纪号上的墨菲斯接收到了一则求救消息，来自于锡安的其他悬浮船。
求救信号就是来自地面之上，对此墨菲斯自然是要前去救援一番。陈长生的创世纪号制造出来之后，由于体型巨大就一直待在地面上进行游击战。强大的火力对付起零散游荡在大陆上的机器人简直不要太轻松。
而长时间没有遭遇到机械大军的围攻，也让墨菲斯的胆子大了不少，因此在接收到求救信号的第一时间，墨菲斯就准备前去救援。
在墨菲斯亲自驾驶战斗悬浮船前往救援的时候，意识上传室里就剩下尼欧和坦克两个人了，这两个还都是还陈长生的傀儡。
躺在意识上传座椅上，“尼欧”的身体突然开始分裂，然后不多时一具陈长生的身躯出现在意识上传室之中。
凭空又多出了自己的一具躯体，陈长生并未感受到什么不适，而虚拟世界之中的那具身躯因为现实中的身体生命体征依旧存在，也并没有消失。
好了，陈长生又发现了卡bug的手段了……虚拟世界的“尼欧”暂时无法离开，陈长生还需要他保存着来自于架构师的圆珠笔。
至于陈长生的本体，此时正是想要脱离创世纪号回到虫巢，去生成一个菌主储存阵列，探索自己的道路。
通过梅洛文这些流亡程序二五仔口中，陈长生得知了机器在现实之中都是通过无线网连接系统的，所以陈长生就想要借助自己的电磁掌控能力，来尝试着生成联网器官，从而获得自由进入系统的能力。