独立之后
1990年代初期，由共产党中改革派组成的吉尔吉斯斯坦minzhuyundong（democratic movement Kyrgyzstan, dmK）与奥什爆发的族群冲突，造成吉尔吉斯斯坦共产党第一书记阿布萨马特·马萨利耶夫失去人民与议会的信任，各方势力妥协后，吉尔吉斯斯坦科学院的院长阿卡耶夫，在1990年10月直选中以95%高得票率当选独立后的第一任总统。
1991年8月19日，该共和国紧急状态委员会（ScSE）借助莫斯科方面的力量，尝试罢免总统阿卡耶夫。计划失败后一个星期，阿卡耶夫和副总统库兹涅托夫宣布退出苏联共产党，辞去书记一职，并将整个政府机构解散。受其影响，紧接着在8月31日的最高苏维埃议会投票中宣布脱离苏联独立，改国名为吉尔吉斯斯坦共和国。1993年5月5日，又改名为吉尔吉斯共和国。
阿卡耶夫独裁
1993年宪法定义政府体制为一民主共和制的共和国。行政部门包括总统和总理，国会为两院制，司法部门包括最高法院、宪法法庭、地方法院和检察总长。
随着经济恶化，从1994年中期开始，阿卡耶夫逐渐转向威权统治。接着数年，在与议会的冲突中，阿卡耶夫透过公民投票直接寻求民意支持，分别在1996年2月与1998年10月修宪，以扩大总统权力、修改选举规则。
2002年3月发生在南部阿赫昔区六名抗议任意拘捕反对党政治人物的民众遭警察射杀的事件，引发了全国性抗议。在民间社团和反对党代表的参与之下，阿卡耶夫总统启动了宪法改革进程。此进程最初有政府、民间、和社会代表的广大参与和开放对话，产生了2003年2月投票过程有缺失的公民投票。公民投票通过的宪法修正案导致了总统扩权和国会与宪法法庭弱化。根据新宪法，在2005年的国会选举之后，原先的两院制国会将成为75席的单院国会。
过渡政府领导人正在发展新的治理结构并着手解决重要的宪法争议。国家团结委员会宣布，六月将举行总统选举，而在其三个月之后将举行国会选举。
郁金香革命
2005年吉尔吉斯斯坦政局动荡，针对议会第二轮选举中的舞弊行为，陆续有示威活动，其诉求演变为要求政府辞职。3月24日，上万反对者聚及在比什凯克要求总统以及他的政府辞职，亦即是“郁金香革命”。总统阿卡耶夫先逃到哈萨克斯坦，最后到达莫斯科。3月28日，吉尔吉斯斯坦新一届议会选举出反对派领导人、前总理巴基耶夫为政府总理，并代行总统的职责。当时在莫斯科的总统阿卡耶夫于4月4日辞职。
在2005年7月10日的总统大选中，巴基耶夫以压倒性的89.4%票数成功当选总统，并于8月14日宣誓就任。