却说李渊当晚与太子建成商定封赏功臣之事，次日上朝，便聚众大赏破夏灭郑的有功之臣。首先是加秦王为司徒、陕东道行台尚书令，赐黄金万两、绢帛万匹，并道：“我儿之功，自古未有，以往之官爵无以赏功，朕为我儿特置天策上将之职，位在诸王之上，令我儿开府治事，助为父管理朝政。”
第二位受赏的是封德懿，加左仆射、道国公并兼任天策府司马，道：“此番东征，众人皆以为不可行，唯二郎与卿以为当行。朕赏卿定策之功也。”
第三位受赏的竟是秦琼，特加秦琼为左武卫大将军、翼国公，赏黄金百斤，绢帛六千匹。道：“非卿披坚执锐，首陷敌阵，秦王何以破建德！”
然后，加李元吉为司空之职，加左仆射裴寂为太子太师，仍参理朝政。加屈突通山东行台左仆射、蒋国公，仍留镇洛阳。加李世积左武侯大将军，舒国公，兼河北行台兵部尚书，助李神通镇河北。又加程知节宿国公，房玄龄临淄侯，杜如晦建平县男，薛收汾阴县男，长孙无忌上党县公，尉迟敬德为秦王府左二护军，段志玄右二护军。李道玄晋爵淮阳王，李道宗加爵略阳郡公，其他将佐皆有封赏。此外，杜如晦、李道玄、李道宗、程知节、张公谨等三十余人并调离秦王府，助李神通与屈突通守河北、河南诸城。
众人见李渊如此封赏，无不面面相觑。他人倒也罢了，这敬德与志玄，功劳至少不逊于秦琼，却既未获封爵，也未受到超过他人的赏赐，不免为二人不平。而房、杜、薛收功在长孙无忌之上，所获封爵却都不及他，这显然是极不公平。这就不能不让人怀疑这是秦王偏袒自己的内兄，在皇上面前为他讨了人情。更令人诧异的是，除了房玄龄、薛收、长孙无忌、敬德和段志玄之外，其他秦王府重要僚佐竟然都被调离了秦王府。这一切都让人迷惑不解。但是，一些深通官场奥秘的聪明人却心中明白：皇上已经开始猜忌并打压秦王，且有意离间秦王与王府僚属的关系了。其实，李渊和李建成本想将房玄龄、薛收、敬德与段志玄也调离秦王府，但他们也清楚，如果真这样做，必定引发秦王的强烈不满。如今毕竟天下尚未一统，他们还不想让秦王太过寒心，还得给秦王留些颜面。
赏罢功臣，又开始处置降俘。李渊广降浩荡皇恩，除窦建德与王世充一族外，可用者因才委任，其余一律赦免其罪。尤其是夏国的裴矩、齐善行、虞世南、郑国的杜淹等更被授以要职。
最后又将王世充招入殿内，责其弑君谋逆及抗拒唐军之罪。王世充叩头请罪后，又道：“臣虽罪不容诛，然臣降之前，秦王已许臣不死。”
李渊沉思片刻，道：“当赦尔以全我儿之信。”
于是降诏赦免王世充为庶人，王氏一族，全部流放蜀地。后来在流放途中，王世充却被独孤修德所害。李渊闻讯，降诏免去独孤修德一切官职。随后王氏一族也因“谋反”，全部被处死。这都是后话，暂且不提。
却说李渊令人押下王世充后，便直接传旨将窦建德与孟海公一并斩首。群臣闻言，不觉错愕。王世充罪不容诛，尚且被恕罪不死，而窦建德素有仁义之名，颇得天下人心，却被处死，这使得有些人大惑不解。这时，萧瑀出列谏道：“建德之罪，远轻于王世充，且建德颇具人望，今陛下免世充之罪而诛建德，恐难服人心。且淮安王被擒之日，颇受建德礼敬，而陛下擒建德即诛之，恐有失仁恕之道。臣恐建德旧部人心不安，天下复乱矣！”
李渊道：“卿之所言虽有道理，然朕兴师伐郑，而窦建德竟逆天助虐，自来求死。此天亡之也。逆天不祥，不可不除。”
殿内众人闻言，都不敢再谏阻了。
刑场上，围观者人山人海，压肩叠背。此时，窦建德、孟海公已被押上断头台，就在即将行刑之际，窦建德忽抬头高声喊道：“李渊、李世民，皆是假仁无信之徒。孤家一向以仁义待天下人，擒李神通，待如上宾。今唐擒孤家，即行诛戮，当真恩将仇报，猪狗不如。唐若不亡，便是苍天无眼，孔孟欺人。”
话音未落，刽子手早已手起刀落，窦建德登时人头落地，一腔热血溅洒一地。恰在此时，忽听空中一声炸雷劈下，正好劈在刽子手身上，那刽子手登时满身焦糊，倒地身亡。方才还是烈日炎炎晴朗朗的天空霎时间阴暗如晦，继而大雨倾盆，闷雷阵阵，当真是如泣如述，让人内心顿感凄惨欲哭。围观者眼见大雨落下，忙乱纷纷奔回家中，一时间你推我搡，收脚不住，竟有被踩踏而死者。在这人群之中有一奇人，姓袁，名天罡，上知天文，下知地理，尤其是打卦占卜之术，更是天下第一。见此情景，不觉喟然长叹：“此乃‘天哭’之象也。窦建德，天下之仁者也，杀仁不祥。唐朝国祚恐不久矣！只可惜百姓又遭涂炭。想我中原百姓端的命苦，何日才能坐享太平？”回到家中后，袁天罡又认真打了一卦，随即却发出“咦”的一声。又审视多时，方才了然道：“看来唐有圣主，能恩育百姓，其功德可压下此灾，且其曾放过一仁者，故唐得以不亡矣！然唐朝必始祖减禄，二祖减寿，且终唐之世，必治少乱多。天理昭昭，非人力所能抗也！”
其后，民间传言：李渊本该做十八年的皇帝，秦王本该有六十一年的寿命。但但后来却因为玄武门之变，李渊提前九年禅位于秦王，少坐了九年皇位，秦王虽提前九年即位，但禄运却未改，因而寿命减了九年。且大唐二百八十九年的国运，本该强盛无比，但事实上却是前半段内讧不断，接连发生了玄武门之变、武韦之乱，后又经安史之乱，历代皇帝只能在宦官手下做傀儡，纵然有英主出世，却每到关键时刻，必定横生枝节，无法使国势复振。凡此种种，皆因杀窦建德所致。此虽民间传言，不足采信，但由此也足见人心民意如何了。李渊、秦王都不愧为一世英主，却因冤杀仁者窦建德，而险些失了民心，将三百年基业化为乌有。故后人为此事作诗一首：
自古良政属唐宗，天下黎庶沐仁风。只因冤杀窦建德，三百王业几成空。
却说秦王退朝回到王府，内心好不烦闷。这一次父皇大赏功臣，自己虽立了大功，还得了天策上将这一古来未有的官职，但秦王府心腹僚佐却被大部分调离了身边，这让他清楚地意识到，父皇已经开始猜忌自己了。他为此感到莫名的彷徨。好在房玄龄、长孙无忌、薛收与敬德、段志玄还留在了身边，还让他感到几分安慰。于是，他将五人召到王府商议：“今天下虽然粗定，但父皇既诛了窦建德，只怕山东河北人心不安。父皇却将府中文武调离，一旦天下有事，世民何以统军定祸乱？故此世民欲请父皇收回成命，将这些精英之才仍留在身边，如何？”
敬德、志玄闻言道：“理应如此。”
长孙无忌却道：“皇上所以如此，只怕另有深意。殿下若贸然请留众人，只怕皇上更生疑虑之心。此非殿下之褔也。”
薛收道：“依臣之见，河北山东不久必乱，朝廷必当再派殿下出征，那时再招众人回王府不迟。”