武德九年六月四日的玄武门内，一切与往日一般平静，宫城内的一幢幢楼台殿宇在阳光的照耀下，益发映衬出皇家的高贵与威严。殿宇周围的街道不时会有禁卫军将士和内侍太监走过。忽然，一阵马蹄杂沓之声传来。一队禁卫军簇拥着太子与齐王经过玄武门前，渐渐接近临湖殿。忽然，建成勒住了马缰，警惕地四处观望起来。原来昨天张婕妤便将秦王诬告建成、元吉秽乱后宫之事传给了二人。只是建成得知消息后，却不以为然道：“此等事一辩自明，不足为惧。”
元吉却道：“此计之外，恐别有图谋。我等不可贸然入见，当严兵马以观形势。”
建成道：“我等若不入见，父皇必以二郎所言为实。当令你我两府之兵严加戒备，然后晋见父皇，以证我二人清白。”
于是二人便率领数十卫士入宫。但虽是如此，建成毕竟心怀警惕，来到这里后，建成忽觉心头一寒，不禁勒住坐骑，纵目观望，觉得似乎与往日并无不同，但又总觉得空气中藏着一股肃杀之气。他又望向远处的树林，更觉得似乎寂静异于平日，心头顿时涌起了一种不祥的感觉。便立即下令：“回东宫。”
众人见太子如此，也各自心头一凛，忙随着他掉头回走。
此时，秦王已埋伏在临湖殿周边的树林中多时了。为了确保这次行动的隐蔽性，秦王只带着长孙无忌等十一将及百来名精选出来的勇士进入宫城，其余人等都伏于宫城之外准备接应。此刻秦王见太子要逃，不觉心头一震，脱口喊了声：“追！”胯下青骓马便箭一般射了出去。身经百战却从不曾慌乱过的他眼下却显得慌乱异常。此时此刻，他心里只有一个念头：绝不能让他们逃走。追上他们，杀掉他们。青骓马像明白主人的心思，发狂般向前飞奔，霎时将无忌等远远甩在了身后。奔走之际，秦王已弯弓搭箭，起手射出。箭矢到处，建成应声落马。秦王内心一阵狂喜：成功了！可几乎与此同时，却又有一阵悲哀蓦然袭上心头，似乎建成就在他心中用幽怨口吻在讲话：“二郎，你好狠心啊！”
秦王内心登时一片空白，青骓马继续狂奔，可他却不再去驾驭它了，也不再抽出第二支箭射向元吉。此时的秦王已失去了往日的一切机智和勇气，而更像是一具行尸走肉。不知不觉中恰被身旁树枝挂住战袍，青骓马继续向前奔去，秦王却无法向前，身形一晃，登时跌落在地。这边李元吉见建成已被射杀，忙纵马欲逃，却见敬德率着七十余名勇士包抄过来。元吉对敬德的恐惧远胜于秦王，此时一见敬德，早已魂飞魄散，掉头就逃，却又见无忌等飞马赶来。正绝望之际，忽见秦王犹在树前呆坐，不由得内心狂喜，抽出腰间宝刀便扑了过去。直到此时，秦王方才如梦初醒，急欲起身迎战，却被树枝挂住无法脱身。李元吉仰天狂笑：“二阎王，你也有今日。这真乃天意也！”
说着举刀劈向秦王。不料就在此时，忽一箭飞来，正中元吉刀面，只听得“当”的一声响亮，元吉手中刀早已飞出一丈开外。抬头望去，只见李客师口中高喊着：“休伤秦王！”直奔而来。李元吉身边的王府护军薛实立即率几位齐府军士截住客师。李元吉只怕失了机会，也顾不得去取刀，上前拾起秦王掉落在地的宝雕弓，便要用弓弦去勒秦王颈项。恰在此时，敬德已飞马赶到，口中高喊了一声：“李元吉纳命来！”元吉闻声，顿时魂都飞了，哪还顾得上去害秦王，拔腿便逃。敬德在马上弯弓搭箭，一箭正中后心，齐王一头栽倒在地。敬德赶上前去，一刀砍下人头，回身来见秦王。薛实等见齐王已死，登时一哄而散。
此时玄武门外，也早已杀声四起。秦王料知必是太子、齐王两府之人杀到，急令张公谨提建成、元吉首级去瓦解来攻之军。原来太子府与齐王府两府卫队也早已做好了与秦府大战一场的准备。得知宫城内双方已经交手后，冯立、薛万彻、谢叔方等两府将佐便立即率军赶来增援。却不料秦王已在各个要路布下埋伏。齐王府的军队恰遇秦琼的队伍，被杀得纷纷溃败，而太子府的冯立、薛万彻、谢叔方所率太子府中长林军却正好与张士贵相遇。张士贵与秦府勇士虽然各个骁勇，但毕竟不过二百余人，如何抵挡住长林军？霎时便被杀散。常林军也不去追赶散众，便直接赶赴到玄武门。来到玄武门下，冯立对着守门军兵高喊：“李世民举兵谋叛，我等特来护驾。尔等速开城门，放我等入城剿讨叛贼。”
守军闻言，顿时一阵骚乱。此时把守城门的主将正是云麾将军敬君弘，他唯恐让冯立再喊下去会彻底扰乱了军心，便要率兵出战。一旁有人劝道：“我等未知究竟，不可贸然出战。且坚守以待圣旨。”
敬君弘道：“我等奉命在此守城，岂可坐视乱兵猖獗！”
便与中郎将吕世衡杀出城去。冯立见二人出城，舞刀杀上前去，手起刀落，先斩吕世衡于马下。敬君弘见了，勃然大怒，挺枪直取冯立，却被薛万彻斜刺里杀出，一刀劈作两截。守军顿时大乱，冯立等乘势便要进城。幸得张公谨赶到，将建成、元吉人头举起，高声喊道：“叛贼李建成、李元吉已被斩首，尔等何不早降？”
长林军一见二人首级，登时军心大乱，便有人溃散下去。唯有冯立慨然道：“大丈夫事人，岂可生受其荣禄，死而不赴其难！今当斩此贼以报太子厚恩。”
说罢，舞刀直取公谨。众人为其所感染，纷纷返身来战公谨。太子府的长林军大多是建成从军中千挑万选的精锐之士与绿林豪侠，其中多有一流猛将，故此张公谨虽勇，却也挡不住他们的如潮攻势，眼看着被长林军逼退到门前。恰在此危急时刻，忽见长林军后大乱，段志玄率着数十骑冲杀而来。两军合势，方才守住城门。随后秦王也率人赶到，但秦王所率之军与段志玄所带来的军队合计不过百余人，而长林军却有二千，守城的禁卫军又不知究竟谁是叛贼，故此各怀坐观之心。杜如晦眼看再战下去，显然不利于秦府军，忙对秦王道：“当请皇上早下圣旨，以安人心。”
秦王恍然大悟，急对敬德道：“你速往宫中护驾。”
敬德自然明白秦王所言的真意，立即赶奔太极殿去了。
却说李渊在秦王兄弟厮杀之前，便已来到太极殿与几位宰相议事。此时早已得知了玄武门内所发生的一切。正不知所措时，却见敬德率领着五六十名全副武装的将士匆匆闯入殿内，不觉心头一阵乱颤，只好硬着头皮问道：“今日为乱者何人？卿来此何为？”
敬德厉声道：“秦王因太子、齐王作乱，举兵诛之。恐惊动圣驾，故遣臣来宿卫。”
李渊闻言，不觉合上双眼，半日方才道：“不料今日有此等事，该当如何？”
裴寂、封德懿哪敢出声，陈叔达与萧瑀乘势劝道：“太子、齐王本无大功于天下，嫉秦王功高望重，故行此奸谋，为秦王所诛。秦王功盖宇宙，率土归心，陛下若能立之为太子，委以国事，则天下无事矣！”
李渊闻言默然。他自然明白这二人实际是劝他让位于秦王，以求得活命。这要是在两个时辰之前，他肯定会骂他们大逆不道，可事到如今，他还有更好办法吗？只好道：“二卿所言甚善，此亦朕之夙心也。”
敬德立即上前一步道：“既如此，还请陛下早下圣旨，以安人心。”
李渊只得令陈叔达草拟一份诏书：改立秦王为皇太子，讨平建成、元吉之叛，并处置一切善后事务。随即令黄门侍郎裴矩飞马送交秦王。秦王得了诏书，立即当众宣读，守门军兵登时一阵欢呼，纷纷出城杀向长林军。恰在此时，程知节与秦琼也率军赶到。冯立眼见大势已去，只好与薛万彻、谢叔方等丢兵弃甲而逃。眼见大势已定，秦王这才入宫晋见皇上。李渊见到秦王，不觉羞愧，只好违心道：“近日以来，我父子险些为小人离间。”
秦王也不答话，忽跪倒在李渊面前放声大哭。初时还只是做戏给众人看而已，可哭着哭着便悲从心生，真的哭了起来。李渊被他哭得老泪横流，只好出言慰抚。半晌方道：“善后之事，皆由我儿做主吧！”
又过了好一阵，秦王方才收泪拜辞李渊，出殿处理善后。
却说秦王来到显德殿内坐定，先令人发布告称除元凶李建成、李元吉外，其他随从一概赦免不问，以安抚人心。随即又令敬德率人去抄查齐王府。敬德领命离去，秦王又令段志玄率人去抄查东宫太子府。段志玄正要动身离殿，忽听门外传来一个妇人的声音：“李二郎，还记得你有个嫂嫂吗？若还记得，便速速让我进殿。”
众人闻言，不觉都心中一颤，正要离殿的段志玄也收住了脚步。因为他们都以为太子妃郑氏是来找秦王拼命来了。而碍于郑妃的身份，他们既不好阻拦，又不能让她接近秦王，故此一时不觉手足无措。秦王略一犹豫，便起身走向大门去迎接郑妃。房玄龄见了，不由得心里一惊。因为他已断定：郑妃这是来求秦王饶过她的孩儿的。而秦王对郑妃的感情甚至超过建成，他很可能会碍于情面而饶过这些可怜的孩子们。然而，他深知李建成虽死，但他的势力却仍然遍布关中，今后不知有多人或真的拥戴建成，或心怀不轨，想要利用太子后人做出什么不测之事。故此若不将这些原本无辜的孩子斩草除根，未来的唐政权必然后患无穷。因此，他绝不能让秦王这么做。想到此处，他不禁举目搜寻段志玄，发现他正紧随在秦王身边走向殿门，便乘着混乱向他走去。却见杜如晦已先自拨开人众凑到志玄身边，轻轻耳语了两句。只见志玄微微点了点头，便急匆匆奔向殿外。房玄龄见状，才将一颗悬着的心放了下来。这时又见杜如晦把目光转向玄龄。二人默然对视瞬间，随即会心地相互点了点头。