(二)实验室诊断
1.组织病理学诊断
组织病理学诊断是观察组织学病变(或称为显微病变)。
有些疫病引起的大体病变不明显或缺如，或不同疫病具有相同的解剖变化，仅靠肉眼很难做出判断，还需作组织病理学检查才有诊断价值，例如传染性海绵状脑病、鸡马立克病与白血病等。
有些病还需检查特定的组织器官，如疑为狂犬病时应取脑海马角组织进行包涵体检查。
2.微生物学诊断
微生物学诊断属于病原学诊断的范畴，是诊断动物传染病的最重要方法，常用诊断方法和步骤如下。
(1)病料的采集：
正确采集病料是微生物学诊断的重要环节。
病料力求新鲜，最好能在濒死时或死后数小时内采取；
应从症状明显、濒死期或自然死亡而且未经治疗的病例取材；
要求尽量减少杂菌污染，用具器皿应尽可能严格消毒。
通常可根据所怀疑病的类型和特性来决定采取哪些器官或组织。
原则上要求采取病原微生物含量多、病变明显的部位，同时易于采取，易于保存和运送。
如果缺乏临床资料，剖检时又难以判断疫病类型的可能范围时，应比较全面地取材，例如血液、肝、脾、肺、肾、脑和淋巴结等，同时要注意带有病变的部分。
如怀疑炭，则按规定方法取材。
(2)病料涂片、镜检：
通常把有显着病变的组织器官涂片数张，进行染色、镜检。
此法对于一些具有特征性形态的病原菌如炭疽杆菌、链球菌、巴氏杆菌等可以迅即做出诊断，但对大多数传染病来说，只能提供初步依据或参考。
(3)分离培养和鉴定：
用人工培养方法将病原体从病料中分离出来。
分离培养细菌、真菌、螺旋体等可选择适当的人工培养基，分离培养病毒可选用禽胚、动物或细胞组织等。
分得病原体后，再进行形态学、培养特性、动物接种(致病性)、免疫学及分子生物学等鉴定。
(4)动物接种试验：
有时人工培养分离到的微生物不一定是引起发病的病原体，因此需要选择对病原体最敏感的动物进行人工感染试验。
将病料用适当的方法处理并进行人工接种，然后根据对动物的致病力、症状和病理变化特点来帮助诊断。
当实验动物死亡或经一定时间剖杀后，观察体内变化，并采取病料进行涂片检查和分离鉴定。
一般常用的实验动物有家兔、小鼠、豚鼠、仓鼠、家禽、鸽子等，当实验动物对病原体无感受性时，可以采用有易感性的本种动物进行试验，但对于大、中型动物或特种动物因费用高，而且需要严格的隔离条件和消毒设施，因此只有在必要和条件许可时才进行本种动物接种试验。
从病料中分离出病原微生物，虽是确诊的重要依据，但也应注意动物的“健康带菌(毒)”现象，其结果还需与临床及流行病学、病理变化结合起来进行综合分析。有时即使没有发现病原体，也不能完全否定该种传染病的诊断，因为任何病原学方法都存在有漏检的可能。
3.免疫学诊断
免疫学诊断是传染病诊断和检疫中最常用、最重要的诊断方法之一，它包括血清学试验和变态反应两大类方法。
(1)血清学试验：
可以用已知抗原来测定被检动物血清中的特异性抗体，也可以用已知的抗体(免疫血清)来测定被检材料中的抗原。
免疫学方法检测的抗原可以是完整的病原体，也可以是病原体的一部分。