(1)根据其作用机制分类：
1凝固蛋白质和溶解脂肪类：
如甲醛、酚(石炭酸，甲酚及其衍生物，如来苏儿、克辽林)、醇、酸等。
2溶解蛋白质类：
如氢氧化钠、石灰等。
3氧化蛋白质类：
如高锰酸钾、过氧化氢、漂白粉、氯胺、碘、硅氟氢酸、过氧乙酸等。
4与细胞膜作用的阳离子表面活性剂：
如新洁尔灭、氯已定(洗必泰)等。
5致细胞脱水作用：如甲醛、乙醇等。
6与蛋白质筑基作用：
如重金属盐类(升汞、红汞、硝酸银、蛋白银等)。
7与核酸作用的碱性染料：如甲紫(结晶紫)。
8其他：如戊二醛、环氧乙烷等。
以上各类化学消毒剂虽各有其特点，但有的消毒剂同时具有几种药理作用。
(2)根据其化学性质和不同结构分类：
1酚类：
如石炭酸等，能使菌体蛋白质变性、凝固而呈现杀菌作用。
2醇类：
如70%乙醇等，能使菌体蛋白质凝固和脱水，而且有溶脂的特点，能渗入细菌体内发挥杀菌作用。
3酸类：
如硼酸、盐酸等，能抑制细菌细胞膜的通透性，影响细菌的物质代谢。乳酸可使菌体蛋白质变性和水解。
4碱类：
如氢氧化钠，能水解菌体蛋白质和核蛋白质，使细胞膜和酶活性受阻。
5氧化剂：
如过氧化氢、过氧乙酸等，遇有机物即释放出初生态氧，破坏菌体蛋白质和酶。
6卤素类：
如漂白粉等容易渗入细菌细胞内，对胞质蛋白产生卤化和氧化作用。
7重金属类：
如升汞等，能与菌体蛋白质结合，使蛋白质变性、沉淀而产生杀菌作用。
8表面活性剂：
如新洁尔灭、洗必泰等，能吸附于细胞表面，溶解脂质，改变细胞膜的通透性，使菌体内的酶和代谢中间产物流失。
9染料类：
如甲紫、依沙吖啶等，能改变细菌的氧化还原电位，破坏正常的离子交接机能，抑制酶的活性。
10挥发性烷化剂：
如甲醛等，能与菌体蛋白质和核酸的氨基、羟基、硫基发生烷基化反应，使蛋白质变性或核酸功能改变，呈现杀菌作用。
上述消毒剂各有特点，可按具体情况加以选用。
(3)常用化学消毒剂：
1氢氧化钠(苛性钠、烧碱)：
对细菌和病毒均有强大的杀灭力，常配成1%～2%的热水溶液消毒被污染的圈舍、地面和用具等。