兽药残留对人体的危害是多方面的人长期摄入含兽药的动物性食品后，药物不断在人体内蓄积，当积累到一定程度后，就会对人体产生毒性作用。
如磺胺类药物可引起肾损害，特别是乙酰化磺胺在尿中溶解度低，析出结晶后对肾脏损害更大。
经常食用一些含低剂量抗菌药物的食品还能使易感个体出现过敏反应，这些药物包括青霉素、四环素、磺胺胺类药物及某些氨基糖类抗生素等。
这些药物具有抗原性，刺激机体产生抗生素抗体，造成过敏反应，严重者可引起休克、喉头水肿、呼吸困难等严重症状。
呋喃类引起人体的不良反应主要是胃肠反应和过敏反应，表现在以周围神经炎、发热、嗜酸性粒细胞增多为特征的过敏反应。
磺胺类药物的过敏反应表现为皮炎、白细胞减少、溶血性贫血和药热。
青霉素引起的变态反应，轻者表现为接触性皮炎和皮肤反应，严重者表现为致死性过敏性休克。
动物在经常反复接触某一种抗菌药物后，其体内的敏感菌株将受到选择性地抑制，细菌产生耐药性，使耐药菌株大量繁殖，使疾病治疗变得困难。
人体经常食用含药物残留的动物性食品，动物体内的耐药菌株可传播给人体，当人体发生疾病时，就给治疗带来一定的困难，延误正常的治疗。
人类长期食用低剂量的抗生素能导致金黄色葡萄球菌耐药菌株的出现，也能引起大肠杆菌耐药菌株的产生。
世界上一些地区的沙门菌、肠道球菌、大肠杆菌等多种病菌已经产生抗药性。
人与人、动物与动物、动物与人之间的细菌存在着耐药基因的传递。
由于耐药菌株很容易在动物与动物、动物与人之间转移，从正在或曾与抗生素接触的人中均可发现大量耐药质粒。
迄今为止，具有耐药性的微生物通过动物性食品转移到人体内并对人体健康产生危害的问题尚未得到解决。
对磺胺类药物敏感的细菌在动物体内外均能产生耐药性，而且当其对一种磺胺药物产生耐药性后，对其他磺胺药物也会产生交叉耐药性(但耐磺胺的细菌对其他抗菌药物仍然敏感)。
由于耐药菌株的不断出现，人类不得不持续进行抗菌药物的更新换代。
在这场人与细菌的“赛跑”中，细菌总是处于“领先地位”，因为人们研制、开发新药物的速度远远赶不上细菌产生耐药性的速度。
所以，为防止病菌通过食物链危害人类健康，在疫病防控中应尽量少使用抗生素。所有抗菌药物应先用于人类，再用于伴侣动物，最后用于食用动物。
兽药残留对人类的另一危害是引起体内正常菌群失调。
在正常条件下，人体肠道内的菌群与人体相互适应，如某些菌群能抑制其他菌群的过度繁殖，某些菌群能合成b族维生素和维生素K以供机体使用。
药物残留(食品中长期或超量含有抗菌药物)会使这种平衡发生紊乱，导致一些有益菌死亡，使菌群的平衡失调，从而引起长期的腹泻或维生素缺乏等反应，对人体造成危害。
除以上影响外，兽药残留还具有致畸、致癌、致突变等作用。
另外，药物残留对环境也有影响。
药物进入动物机体后以原形或代谢产物形式随类、尿等排泄物排出。残留的药物在环境中仍具有活性，会对土壤微生物及昆虫等造成影响。
据报道，在用动物排泄物施肥的土壤中检查到了金霉素的残留。
我国在50年前杀蝗虫所使用的ddt，至今还残留在土壤内。兔子食用在这种土壤上生长的小麦，从其肉中可检出ddt。
近年来，人类的肿瘤发生率不断升高，人们怀疑与环境污染及动物食品药残有关。
雌激素、硝基呋喃类、砷制剂等都已证明有致癌、致畸、致突变作用。
当人们长期食用含有“三致”作用的食品时，这些残留物会对人体产生毒害作用。