深夜，旅馆内所有的人都进入了梦乡，整栋旅馆笼罩在一片黑暗与死寂当中。在旅馆的二楼的一个房间里，明日香躺在床上翻来覆去睡不着，一种大难临头的感觉始终困扰着她。
突然，房间的门“啪嗒！”一声打开了，一阵整齐的脚步声走了进来。
听见声音，明日香立即紧张起来，下意识的蜷起身子，小心翼翼的瞟向声音传来的方向，顿时吓得直冒冷汗，只见歌剧魅影正站在她的床边，两眼直钩钩的看着她。
明日香本能的跳起身想跑，歌剧魅影立即上前一把将她按在了床上，明日香想喊叫，谁知魅影抢先一步，用双手掐住了明日香的脖子，使劲的掐着！明日香痛苦不堪，她急中生智，伸出一只手，抓住了魅影的假面，一把将其摘了下来，可还没等明日香看清楚假面下的面孔，她一下子惊醒了，发现自己仍然好好的躺在床上。
“诶？”明日香呆呆的看着空无一人的自己的房间，发现是个梦。
“吓死我了！”明日香这才松了口气，正当她暗自庆幸之时，却没想到下一秒，一副金属面具突然“咔喳！”一声套在了她的脸上！
“喂！明日香！”真嗣的声音从黑暗中传来，随即有人碰了碰明日香的小腿肚。明日香这才清醒过来，发现自己正和真嗣背靠背躺在一张床上。
“又做噩梦了吗？”真嗣小声关心自己的女伴。
“又是这个梦！”明日香忧愁的对真嗣说，她先前已经在自己的房间里做过这个梦了，令她不敢相信的是这居然是一个梦中梦！
“明日香…”真嗣认真的对明日香说，他刚才已经听明日香说过最近这一段时间她经历的那些灵异事件了，真嗣一开始还有些怀疑，但是看见明日香做噩梦时的反应后便确信了，“其实不瞒你说，我也遇到过类似的事情！”
“什么！？你也有过这样的经历！”明日香不敢相信的问真嗣，她没想到自己不是唯一一个有这种能力的人。
“那还是在上次跟流子交换情报的时候……”真嗣说出了那段离奇的经历。
时间倒回到那天晚上……
“m78星云，生命纤维，还有水晶……”真嗣仔细琢磨着流子向他透露的这些信息，独自一人走在一片寂静的公园里，他的手上拿着流子给他的那本日记。走着走着，突然，一个黑影出现在了真嗣的面前。
“啊！”真嗣吃了一惊，仔细一看，发现自己面前站着的居然是一个穿着像古埃及王族那样风格的华贵服装的黑发青年，他的头发很长，肤色和加古奈津子的一样深，头上戴着一副造型奇特的金色冠冕，冠冕的正中央还画着一只眼睛。
“小兄弟！”那青年温柔的对真嗣说，“你是不是想知道m78星云的人类文明啊？”
“诶？你怎么知道？”真嗣诧异的问这位陌生的青年。
“呵呵，我当然知道！”青年微笑着说，“我们一族的人都在等你呢，碇真嗣！”
“你…你知道我的名字！”真嗣目瞪口呆的说。
“跟我来吧，我带你到我们亚特兰蒂斯人的聚集地。”青年礼貌的为真嗣引路，真嗣毫不怀疑的跟着这个人走了，仿佛有一股神秘的力量在吸引着他。”
那神秘青年带着真嗣走进了一片茂密的树林，又朝树林深处走了很远，直到他们的周围全部都被树木遮盖的严严实实，完全看不到外界为止。
“这…这是什么地方？”见周围都是密不透风的参天大树，真嗣不禁害怕起来，而那青年却不回答，只是头也不回的走着。真嗣忐忑不安的跟在他的身后，直至来到了一片宽阔的空地上为止。真嗣看了一下四周，发现树木在此地围成了一个圈，而空地上却连一根杂草都没有，那青年举起一只手，指了指空地的中央。真嗣顺着他手指的方向看去，不禁张大了嘴巴，只见在空地的中央，正立着一棵高大的古树，树的大小可以和一棵成年巨杉相提并论，可奇怪的是这棵树却是头朝下，树根朝上生长的，看上去十分怪异。真嗣来到那棵树前，仔细的从上到下打量了它一番，可还是看不出这棵树究竟有什么明堂，于是他转过身想去向这个青年问个明白。谁知，当真嗣转过身看向那青年的那一刻，他看到的，竟是一副外表看上去和EVA模拟体画风极其相似的人体机器骨骼！
“然后我就醒了，发现自己正躺在跟流子聊天的那张长椅上，时间已经是第二天上午了。”真嗣把这个怪异的梦跟明日香说了一遍。
“那家伙跟你说什么亚特兰蒂斯人？”明日香听见了这样一个讯息。