站在内堡城墙上，蒙古大军居高临下朝城内放长箭、扔石块、掷火炮，又过了一个时辰，内堡的房屋成为一片废墟，里面哀嚎声不断。
成吉思汗传令让后勤步兵把收集的长梯搬上城墙，再放入城内。
成吉思汗爬上城墙，对蒙古大军说，蒙古勇士们，这个内堡内，有五、六万敌人，其中有一半是女人，在以前的战争中，为了保持战斗力，我严禁你们奸淫妇女。但是现在不同，躲在城里的那些妇女是那些花剌子模士兵的家眷，她们协助花剌子模士兵抵抗我们进攻，是我们的敌人。一会儿你们攻进城内，先把里面的男人和老年妇女全部杀死，至于里面年轻的女人任由你们奸淫，但是完了必须杀死，绝对不能让她们肚子里怀起我们的后代。
蒙古士兵常年征战在在外，生理和心理十分压抑，成吉思汗这道命令让他们感到无比兴奋。
蒙古大军一片欢呼，随着成吉思汗一声令下，超过五万的蒙古士兵顺着长梯进入城内。
此时进入内堡的花剌子模士兵很多已经战死。蒙古士兵进入城内，见男人就杀，见女人就奸淫，整个内堡变成一座人间地狱。怯失利汗从来没有见过这么恐怕的一幕，他又惊又怕的哭着说，苏丹陛下，臣无能，臣战败了，臣对不起您！对不起国家！对不起花剌子模人民！
怯失利汗说完后，拔刀自刎了。
蒙古大军的屠杀持续到黄昏，有三万多花剌子模男子和几千老年妇女被射死、炸死、砸死、杀死，有一万多名女子在蒙古大军入堡前就被害或者自尽。剩下一万多名年轻妇女被几万蒙古士兵奸淫后，又全部被杀死。整个内堡变成了一个巨大的坟墓。
之后，成吉思汗派出传令兵到左路军、右路军到达的地方传达他的命令，让他们开到不花剌城东南方向二百余里处的一处山地会师。
同时成吉思汗命令中路军在不花剌城休整，一边让书记员发布安民告示，宣布战争已经结束，让城内百姓安居乐业、安心生产，并严禁蒙古士兵再奸淫掳掠。一边派后勤步兵从之前抢来的金银财宝里面取出十万两黄金，向城内百姓购买粮食物资。