在盟军摧毁了尤里在维尔京群岛部署威胁天气控制机原型机的战术核弹发射井后，一些幸存的美军决定发出S.o.S.信号并揭示自己的位置。重组至悖论远征军的太平洋阵线派出了由长间晋三与白田直美进行救援任务。
（三十年之后应该叫白田真丑才对，不过是三十年前直美大妈应该是不到三十的小姐姐，就想程世涛武秀荣戴宏奎一样，反推三十年还很年轻的，不过命令与征服里最强将军凌将军反推三十年凌梁就只能十岁出头了）
（额外吐槽，凌梁十几岁就是是最强指挥官过于离谱，拥有命令与征服全球科技并且站在世界顶点凌梁指挥能力异常强大，如此年轻又如此强大这些设定当然不合理，其实是制作组没钱赶工，取消了美国的艾恩赛德将军和GLA的莫马尔“死亡袭击”boss将军的地位，时间有限做不出来了，就一股脑把他们的能力和科技全塞给了cN的凌梁了导致了命令与征服世界观的凌梁的指挥能力过于逆天）
在维尔京群岛的太平洋阵线部队解除了当地厄普西隆军的威胁之后，他们与其他从亚洲和大洋洲地区逃离出来的盟友重新联合，并一同加入到了悖论远征军中。而不久之后，他们便收到了一个由美军部队发出的求救信号：
这些美军现在位于美国海外领地波多黎各的首府圣胡安。早在第三次世界大战中，波多黎各就被拉丁同盟的部队攻占了，而在厄普西隆崛起后，心灵军团在尤里的精心计划之下，不费吹灰之力就控制了当地的拉丁同盟部队并借此彻底占领了波多黎各。
现在，这些在圣胡安聚集的美军幸存者已是陷入绝境之中。如果放任不管的话， 他们要么会被精与阴谋的尤里用心灵控制变成傀儡，要么会被心灵军团控制的傀儡拉丁同盟的部队消灭。悖论远征军中，美军部队的规模并不是很大，而美国本土的反抗军在一次失败的行动之后也鲜有条件离开本土加入悖论远征军的行列。为了扩充盟军自身的实力，团结一切力量，两位太平洋阵线的指挥官长间晋三与白天直美决定去营救他们。
圣胡安市有一座桥，这是当地美军撤离的唯一途径。根据侦察，盟军还在这座城市中发现了一座包围的基地，碉堡将军在此地固守。两位指挥官决定先派遣两支突击队渗透入市区内联系碉堡将军的基地，然后借此联系大部队进行支援，一同协助美军幸存者安全撤退。
长间晋三：“我们先用少数海豹部队和反转士进行渗透作战，基地车和大部队已经准备好伞降或者超时空传送，你说美国反抗军能坚持到和我们接头吗？”
白田直美：“我不知道，但是现在率领美国反抗军坚守阵地的是碉堡将军，我一生沉浸海战，若有人和我进行海战博弈，我不惧怕任何人！如果要你长间晋三赌上你一生的荣耀进行进行武士对决，你会惧怕吗？”
长间晋三挑起眉头：“吾意志尖锐如刀，是我低估了同为武士的碉堡将军意志，我再此为我的行为致歉！”
白田直美：“碉堡将军作为武士已经孤军深入，现在该我们了！”
反转士和海豹部队在城市内的河岸里面潜水渗透，整座名为圣胡安的城市已经变成了尤里手下行尸走肉的拉丁同盟大本营，被心控的拉丁同盟士兵正在押运一群镇暴部队前往战俘营，想必是想将这些美国反抗军洗脑成尤里的傀儡部队。
没人会注意水下的潜泳部队，但是忠实的防御建筑可会，哨戒机枪发现了没有友军识别的异常目标，立刻开始了对反转士的攻击。
反转立场作用在了哨戒机枪之上，因果已经被反转，这些哨戒机枪不再能伤害敌人，海豹部队开始了安放炸药，设定好起爆时间，在跳回水里。
渗透部队小心翼翼的在城市中行动，在尤里的心控能力之下，巡逻部队只是象征性的巡逻，大多数心控部队都驻扎在房屋之内。全部的心灵都已臣服于心灵信标。是时候解放自由意志了！
看来有必要解救之前被逮捕的镇暴部队了，让这些驻守在房屋内部的傀儡部队和邪恶的厄普西隆军死在闪光破片手雷之下了！
辐射工兵，捷豹战斗坦克，和磁暴线圈看守着镇暴部队，这显然不是镇暴部队可以对抗的威胁，反转士们悄悄渗透，随后投掷反转立场，海报部队立刻用手中的冲锋枪和c4炸弹收割这些处于反转立场的敌人。
这些傀儡部队武器不生效依然毫不在乎自己的生死的开火，就算队友死亡也无动于衷，直到全被特种部队完全消灭为止。
镇暴部队：“让我们离开这个充满洗脑的鬼地方！自由意志荣光永存！”
海报部队：“这就是邪恶尤里要建立的帝国吗?全都是没有思想的人偶，这样的社会还有什么意义可言！”
反转士：“我们要自由！还有牛排！还有自由！绝不沦为没有思想的奴隶！”
大量被心控的傀儡部队驻扎在平民建筑内，他们再也不会醒来了，因为镇暴部队的破片闪光手雷被扔进了这些建筑之内，他们永远都睡在了这座洗脑之城内。
长间晋三：“真是奇怪啊？这座城市里全是傀儡部队，根本就没有看到厄普西隆的直系军，那些征服大半个世界的厄普西隆军都去哪里了?”
白田直美：“你说的对，若敌人不只是傀儡，还有厄普西隆的直系军，恐怕现在早都发现城市的异常拉响警报了，这世界上还有谁能彻底重创征服世界的厄普西隆?苏俄，欧盟，美国，拉丁同盟全都被重创征服，还有谁?全都被难道是?cN?”
长间晋三：“厄普西隆有很多防御建筑，这些无人防御包围了盟军的基地，他们应该在，只是少了而已，我找到了他们的发电厂，我们去破坏这些建筑，与碉堡将军接头！”
厄普西隆后勤正在他们发电站旁边努力的布置油桶，这些发电站是维持对碉堡将军包围之势的核心电站，只等厄普西隆的攻坚装甲部队抵达，就可以彻底的俘获在圣胡安的全部美国反抗并且彻底支配整个波多黎各。
但是厄普西隆后勤的油桶突然发生了巨大爆炸，连带着全部的发电站全部都化为灰烬。
长间晋三：“碉堡将军！君可安然无恙否？”
碉堡将军：“若我坚守不住，那就太可笑了！就算是神！我也要守住给你们看看！”
白田直美：“我们已和碉堡将军建立通讯！快超时空传送机动建设车！”
除了机动建造工厂，空投的伞兵和超时空传送的装甲大军也已经抵达。
碉堡将军：“心灵军团绝不会善罢甘休！他们迟迟没有让拉丁同盟的傀儡部队压过来就是为了俘获我们！现在，我们就要撤离了，那群邪教分子一定会发疯似的来杀了我们的！”
白田直美在桥头展开机动建造工厂开始前线生产保护桥梁不被心灵军团彻底炸毁。
长间晋三使用极其大胆的战术，直接将机动建造工厂前置到港务大楼，港务大楼一旦丢失，此次撤离任务立刻失败。
厄普西隆的直系军终于出现了！他们直取美军基地，变异的狂兽人战士和心灵专家直取碉堡将军的要害，下一刻，本该一马平川的大路出现了无数暗堡，潜伏在战俘坑道中的美国反抗军用重机枪构筑了交叉火力开始疯狂的扫射。
凹弧型的爱国者飞弹战阵被碉堡将军运用的如臂使指，心灵军团的空军突击如同撞到了铁壁一般，如果用空军攻击暗堡防线就会被爱国者飞弹击落，凹弧型爱国者飞弹战阵刚好在凹弧的中心，会受到全部爱国者飞弹的集火射击。
要是突击凹弧爱国者飞弹阵线的最前端，哪里是一个个以远程巨炮为火力核心的大量反坦克炮塔的火力据点，有机动的防空车迅速回援，基地防卫构思巧妙宛如一块铁板！
心灵军团出动心灵之主和大量主战坦克绕开了大量反坦克炮塔的火力据点，分成不同批次，直冲碉堡将军各各凹弧型防线中心！哪里虽然是强大的爱国者飞弹聚集地，但是反坦克阵地炮较少，面对装甲集群苦不堪言！
碉堡将军眉头微挑，就这？
“美军反抗军众！放弃坑道散兵坑！不要在散兵坑内偷袭正在攻坚的厄普西隆坦克屁股，立刻撤离至基地内部！不要被心灵之主所操控”
美国反抗军立刻听从碉堡将军的指挥，迅速从w战壕撤离。
白田直美和长间晋三立刻将注意力放到了碉堡将军这里，尤其是长间晋三，碉堡将军的机枪，战壕，铁丝网布局简直巧妙，火力据点到凹弧型战阵在到w战壕，其变化之大，层出不穷。
火力据点就是难以拔出的钉子户，猫耳洞可以随时躲避远程炮火轰炸，少数巨炮成了还击厄普西隆脆皮装甲攻城车的利器，重机枪碉堡在前，反坦克阵地在后，如此恐怖的反坦克阵地数量就是苏俄的钢铁洪流都难以淹没，爱国者飞弹全覆盖火力据点。
碉堡，反坦克炮，爱国者，并没有大量利用昂贵的巨炮和光棱塔，但是完美的布局却让防御力大幅提高。w形战壕连接着火力据点，美国反抗军战士可以随时随地的通过战壕网络支援火力据点。强攻火力据点无异于自杀，但是火力据点不拔除，碉堡将军随时可以通过坑道战壕集结兵力，这些士兵探头就可以通过战壕网络构筑V型交叉火力，把敌人夹在中间，俯下身就可以迅速转移。
要是绕过火力据点强冲基地的碉堡爱国者战阵，那就要被战壕坑道网络的士兵交叉火力打击，这些火力据点又成了美军高速载具的安全集结点，企图强攻碉堡将军基地的敌人就会落入V字口袋阵中。被步兵交叉火力袭扰，被集中的高速装甲集火射击。
鞭打者轻型坦克，奥普斯定制坦克，螳螂拼装坦克，除了从苏俄窃取的鞭打者轻型坦克防护还算过关，其余奥普斯坦克，螳螂拼装坦克和掠夺者坦克防护都不好。
明明没有定点炮塔的反坦克炮支援，除了鞭打者轻型坦克和心灵之主，其它坦克连同步兵立刻就被打成了筛子。
碉堡将军：“苏俄的哨戒炮用的是7.62x59，虽然射速较快对步兵压制能力较强，但是我们的地狱犬重机枪，使用的子弹是12.7x99，子弹长度，子弹口径，穿透力大大提高！对付厄普西隆军的步坦协同，碉堡就够了！厄普西隆的三轮摩托车，加特林坦克，还有那个投石车，全都会被12.7x99大口径穿甲弹有效击穿！”
碉堡成本低廉，不可以被心灵之主心控，成群的碉堡海就是装甲防护较差的厄普西隆军的噩梦，狂兽人和毒爆虱被打成了筛子，就连那些被称之为“报纸壳壳”的高机动坦克都无法幸免于难。
被心控的拉丁同盟傀儡部队正在强攻碉堡将军的火力据点，似乎肉眼可见的，火力据点的光棱塔变少了，似乎被碉堡将军回收了。