台湾城上的红毛番原以为明朝船队必从南航道驶入，忙于用大炮拦截，未料到杨奇却躲开了火力，船队从鹿耳门驶入台江，在大炮射程之外。
面对浩浩荡荡的明军船队，红毛番“骇为兵自天降”，顿时束手无策。明军船队沿着预先测度好的港路鱼贯而入，切断了台湾城与赤嵌城荷军的联系，迅速于禾寮港登陆，并立即在台江沿岸建立起滩头阵地，准备从侧背进攻赤嵌城。在北线尾登陆的一支明军外加两艘铁甲舰，驻扎于鹿耳门，以牵制可能的红毛番兵船，兼防北线尾。
而台湾的汉族和高山族人民见大明的大军到达，争先恐后地出来迎接他们，用板车和其他工具帮助他们登陆，总人数竟然达到两万人。
正是由于当地百姓的大力支援，明军不但顺利登陆，而且为分割包围盘踞台湾的红毛番创造了条件。
明军从禾寮港登陆扎营后，即遭到赤嵌城红毛番的炮击。同时，他们又放火焚烧马厩、粟仓。
杨奇虽是不惧，但“恐被焚烧粮粟”，遂派张通等率所部前往看守堵御。接着，杨奇调整了部署：命令第一军及张透率领一艘铁甲舰控制鹿耳门海口，以便接应第二梯队登陆；令第二军防守北线尾一带，以保障主力侧后安全，并置台湾城红毛番于腹背受敌的境地，另派兵一部监视台江江面，切断赤嵌城与台湾城的联系，为从海、陆两面打败红毛番的反扑作好了准备。
四月十七，在北路发生了北线尾陆战。北线尾是一个不到一平方公里的沙洲，南端与台湾城相对，北端临鹿耳门航道。
红毛番德尔上校趁明军刚刚登陆，率领两千名士兵，乘船沿台江岸边急驶北线尾，上岸后即分两路向明军反扑。
德尔指挥的红毛番以12人为一排，疏开战斗队形放排枪，逼近明军。
殊不知此举正中明军下怀，明军大部兵力从正面迎击，另派一部分兵力迂回到敌军侧后，夹击红毛番。
明军火器在性能上，可以说碾压红毛番，在射程和射速上皆是完胜，往往红毛番打出一发子弹，明军已经发射了数发甚至上十发，再加上重机枪的加持，明军的火力“弹如骤雨，连天空似乎都被遮蔽”。
贝德尔发现自己不是对手，且腹背受敌，顿时手足无措，他所指挥的红毛番士兵的勇气，这时则完全为恐惧所代替，许多人甚至还没有开火便把枪丢掉了。他们抱头鼠窜，落荒而逃。明军乘胜猛攻，将这两千红毛番“一鼓而歼”，可谓是“夷将拔鬼子战死阵中，余夷被杀殆尽”。
南路增援的红毛番，也被明军战败。这支三千人组成的援军由阿尔多普上校率领，乘船沿台江南岸驶往赤嵌城，企图为描难实叮解围。杨奇发现后，立即出动第三军还击。他们架好重机枪，全力向红毛番军开火，最终3000名红毛番士兵只有数百人幸存，其余皆被第三军消灭，阿尔多普率残部逃回台湾城。
阿尔多普出援失败，赤嵌城守敌越发着急，派人前往台湾城，要求葛罗再派大军救援赤嵌城。
后经评议会研究，台湾城的处境危险，兵力不足，如果再派出一支援军，则用以保卫热兰遮城堡及其周围地区的全部后备军将不足万名，而这支队伍又是战斗力最弱、最缺乏作战经验的士兵所组成的，所以拒绝了求援的请求。
在战事如此不利的情况下，红毛番残余舰队仍然是龟缩不出，拒绝与明军交战。最终，失去舰队帮助，陆战又战败后，赤嵌城和台湾城成为了两座孤立的城堡，相互间的联系完全割断。