琴里的回归，让蓝染得以加速他的实验，在蓝染的提议下，琴里出于好奇，挂了一点自己虚形态面具上的骨粉给蓝染，让他进行实验。
持续三个月之久的大量密集实验，让流魂街频繁出现灵魂失踪，这引起了静灵庭高层的注意，终于，在一次紧急会议后，护庭十三队派出了以九番队队长六车拳西为首的调查部队。
琴里对于这些实验，虽然参与，但更多的只是观望，而没有深入其中，倒是经常去二番队、十二番队串门，和夜一、喜助两人混得相当熟，比起蓝染这边的实验，她更多的时间倒是投入到了义骸的开发中。
甚至就连一向和所有人不对付、吝啬赞赏之词的十二番队第三席、技术开发局副局长涅茧利，都对琴里赞不绝口，琴里过于超前的医学知识，让求知欲极强的涅茧利将她奉为半师，甚至超过了浦原喜助在他心中的地位。
与此同时，涅茧利还邀请琴里参与了他私自进行的人造人实验，这是整个技术开发局没有第三人有资格加入的实验，就连喜助想要了解，也被一口回绝。
当二番队和十二番队都很忙的时候，琴里有时会去朽木家串门，朽木银铃很喜欢这个知书达理却不失活泼的少女，完全把琴里当孙女对待，每次都会拿出好吃的好喝的请琴里品尝，还邀请琴里住在朽木家，私下里，甚至有人开始把琴里成为朽木琴里，不过琴里始终没有答应加入朽木家的提议。
紧急会议的这一天，琴里正百无聊赖地在四番队队舍和卯之花烈一同插花，虽然琴里对于插花并没有特别的钻研，耐不住前世是个信息十分发达的世界，作为女孩子的她，也曾被父母带去看过几次插花大赛，即便是业余水平，比起落后数个世纪的现在，琴里的插花技术也显得相当优秀。
而卯之花烈在半路上把琴里带回四番队队舍，可不是单纯为了插花，琴里那一肚子的医学知识，才是她渴望的瑰宝，一边插花，一边询问琴里医学方面的问题，堂堂四番队队长，此时俨然像个求知的学生。
让身为队长的卯之花烈变成这样的，还是琴里赠送的手写《本草纲目》，按照琴里的说法，这是现世的一位名医毕生心血编制的草药医书，但那毕竟是前世的书，有不少草药在这边并不存在，或是有着些许出入，这就需要琴里的专业知识来为卯之花烈进行解答了。
当紧急会议的铃声响起，卯之花为无法继续学习而叹息的同时，一边赶去一番队队舍，一边再次邀请琴里来四番队，甚至提出让贤，由琴里来担任四番队队长，她当副队长辅佐琴里的提议，但又一次被琴里拒绝了。
独自待在四番队的队长室，琴里翻阅起屋子里的各类书籍，卯之花烈身为卯之花八千流的过去，已经告知了琴里，也让琴里知道，为何卯之花烈会那么执着于医术，同时，她屋子里的所有书籍，琴里都可以随意翻阅，这是琴里才拥有的特权。
“队长！哎不对，琴里大人！有紧急情况！刚刚送来的伤员，需要您出手救治！”
在一阵杂乱的脚步声后，队长室的大门被推开，四番队的副队长山田清之介火急火燎地冲进来，看到只有琴里时，才想起队长已经去队首会议，但转而想到琴里的医术后，重新燃起希望。
没有多言，琴里便跟着前往四番队的重症救护室，受创的是一名四番队队员，她是被派去跟随先遣队，调查灵魂失踪事件的一员，据说是先遣队唯一活着逃回来的人。