在中域星域的秘境关闭之后，时间已经过去了五千年。在这漫长的岁月里，宁凌云一直被困在一个神秘的巨蛋之中，他的身体和灵魂都发生了翻天覆地的变化。
在这五千年的时间里，宁凌云不断地吸收着九部圣典的奥义之力，这些圣典蕴含着宇宙间最强大的力量。经过无数次的修炼和领悟，宁凌云终于成功地突破了三层掌控者的界限，成为了一名强大的掌控者。在这个过程中，他也了解到了掌控者分为九层，每一层都有着不同的境界和能力。
通过这九位掌控者的传承记忆得知，虫族的虫皇也已经达到了九层掌控者的境界。虫族凭借着强大的实力，已经吞噬了六个像鸿蒙大世界这样的世界。这使得虫族的实力变得更加强大，也给鸿蒙大世界带来了巨大的威胁。
为了能够成功抵御虫族的入侵，太古时期鸿蒙大世界的生灵们开始寻找解决办法。经过一番探讨和研究，他们发现只有两种方法才能有效地阻止虫族的侵略：一是彻底实现数字化，将整个鸿蒙大世界变成一个虚拟的世界；二是将鸿蒙大世界升级到永恒大世界，拥有更强大的世界意志。
这个时候鸿蒙大世界分成了两派，数字化人数较少代表人物就是创立科技圣典的这位六层掌控者。
虽然宁凌云知道了这些事情但是他现在什么事情也做不了，因为这九位六层掌控者的奥义结界太强了。除非他能将结界内的九大奥义之力全部吸收，才可以突破结界出去。
外面的太初帝国，经过5000多年的发展，地界，天界彻底走上了科技与修炼并存的修行道路。鹤熙，凉冰，怜风，加上原来的科技天使，还有星陨，科技圣典造化玉碟，的支持下。
建造出了一台超大型天体计算机，这台超大型计算机命名凌云。这台凌云超算的算力大到了恐怖的10兆亿频，掌控者一下都可以计算。他所用的能源竟然是奥义之力。
通过这台计算了地界，天界的亿万万生灵推演出合理的修行方式，使得原来的天界最高战力武祖成功突破到了九星大帝。
后土紧随其后突破到了八星大帝，孙悟空，通天，盘灵璇，突破到七星大帝。
女娲，羲和，常曦，十一祖巫，人族三祖，文祖，四皇突破到了六星大帝。
林朝英，独孤求败，第一刀皇，太上，元始，凯莎，西王母，镇元子，红云，冥河，人族十大元帅突破到了五星大帝。
与此同时鹤熙，凉冰，怜风她们选择走科技成神这条道路。现在神体已经升级到了八十级达到了五星大帝级别，这也给了那些修炼天赋不行但是精神力强大了人另一条选择的道路。
战舰等级也突破到了大帝四星，和四星帝器实力同等。战甲，武器这种装备已经实现批量化制造。基本上都是达到了圣帝境神期。如果是鹤熙，凉冰，怜风三人亲自打造已经可以小批量制造出帝器一星的武器装备。
在地界和天界迅速发展之际，因为宁凌云没有出现的缘故也引发的毁灭神族和虚空神族的窥探，不过害怕宁凌云报复才不敢有所行动。
因为他们打探到消息得知武祖竟然是宁凌云的分身现在已经九星大帝的实力了。也就放弃了进攻太初帝国的想法，这也是武祖故意露出的实力。
就这样两万年过去了，宁凌云终于将奥义之力全部吸收，成功突破到了掌控者六层。这也是九位掌控者留下的能量全部被吸收完的结果。